重庆军民在5月经受了高密度、高频率的轰炸之后，还没来得及掩埋好遇难者的遗体，修葺被毁坏的家园，新一轮的轰炸又开始了。
日本海军华国方面舰队在6月7日与日本华国派遣军进行了幕僚联络。
在这次联络会议上，日本海军提议在6月到8月加强对重庆的轰炸，并提议双方集中200架轰炸机对重庆进行3000架次的轰炸。
为此，日本海军航空队准备将出动的飞机准备加强到120至130架，要求陆军也增加50架轰炸机。
不过，由于日本陆军航空队无力抽调这么多数量的飞机，这一提议只最终胎死腹中。
在拒绝了日本海军航空部队的提议后，6月9日，日本陆军飞行第60中队的36架重型轰炸机，气势汹汹的扑向白市驿机场，结果由于天气原因，很多飞机只能中途折返，其中一架飞机误认了攻击目标，就匆忙开始投弹，其他飞机也随之投弹，结果损耗了上百枚炸弹。
但是，日军的中队长铃木清大尉，还是飞抵白市驿机场上空进行投弹。就是这一架完成本轰炸机完成攻击的日本飞机，依然将白市驿机场上的一架大型飞机击毁。
日本陆军航空队的轰炸，出现严重的纰漏，但是这样的好运气并没有一直眷顾重庆饱受战火洗礼的重庆军民。
在整个六月，日本陆军航空队对重庆轰炸6次，出动300架次，投下炸弹1000余枚，约140吨；日本海军航空队对重庆轰炸11次，出动1000余架次，投下炸弹6000多枚，约700余吨。
到了7月，日军对重庆的轰炸已经有所减弱。
在这个月里海军进行了11次轰炸出动飞机843架次，陆军进行了3次轰炸出动180架次，共计投弹672吨。
虽然，日军的轰炸频率和密度，与7月相比有所减弱。但是重庆市已经有20%被摧毁，经济陷入停滞，物价飞涨。蒋介石也考虑疏散居民，并转移军事、工业和教育等机构。
日本的战略轰炸似乎达到部分战略目的，但是进入8月后由于天气状况和日军大本营逐渐将战略目标转向了法国印度支地区，所以整个8月重庆至遭受到了10次轰炸。
到了9月初，日本中国派遣军与日本海军中国方面舰队联络后，于9月4日宣布停止对中国后方的战略轰炸。
日军从1940年5月18日开始，到9月4日终止“101号作战计划”，在110天的时间里出动战机4722架次，对重庆发动了71次空袭，投弹枚。
面对日军的狂轰乱炸，坚韧的重庆军民面对烈火焚城的灾难表现的那么无畏。
而那些胸怀家国大义的年轻的中国军人也在天空和陆地与日本战机进行着殊死搏斗。
从5月20日开始，实力弱小的中国空军，就不断紧急升空与入侵的日本战机进行交锋。
虽然，他们无力阻止日军对重庆的轰炸，但是他们却用自己的生命和鲜血最大限度的减少了日本战机对重庆城和重庆军民的伤害。
他们先后与日军交战607架次，先后击中日机382次，击毙击伤日军160人（包含22名不知下落者）。
或许，正是因为中国军民的无惧生死和坚决抵抗，在“101号作战计划”停止后，日军航空队只是在在9月、10月间派出先进的零式战机参与对重庆的攻击，再也没有发动大规模持续不断的战略轰炸。
因为他们很清楚“靠轰炸粉碎重庆政权的抗战意志，不那么容易”。
与此同时，另外一件事情则是更加的惨无人道，令人发指！
1940年7月，侵华日军“七三一部队”队长石井四郎，亲率一支远征队，携带70公斤伤寒菌、50公斤霍乱菌和5公斤染有鼠疫菌的跳蚤，开赴华中战区宁波一带进行细菌战。
731部队全称满洲731部队（1941年8月使用此名），是日本侵略军细菌战制剂工厂的代号。
为掩人耳目，先后叫过“加茂部队”（1933年）、“东乡部队”（1938年——1939年，此时的秘密番号为“满洲第六五九部队” ，取名东乡部队是为了纪念石井四郎心中的偶像东乡平八郎）、“关东军防疫给水总部”（1940年8月改组为关东军防疫给水部，同年12月2日创立关东军防疫给水部支队，平房地区设施成为总部）、“满洲二五二零二部队”（苏联攻克柏林后，为了掩人视线，于1945年5月更为此名），731部队伪装成一个水净化部队。
731部队把基地建在华国东北哈尔滨附近的平房区，建有占地300亩的大型细菌工厂。这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。
一些研究者认为超过10,000名中国人，朝鲜人，以及联军战俘在731部队的试验中被害。
另外，据日本作家森村诚一在《恶魔的饱食》中称，通过“特别输送”进入到731部队的“马路大”需要进行编号，而从1939年以后，进行了两轮编号，每一轮编号极限为1500，于是在抗战结束时，共计有3000人死于此。但是对于数量的多少还存在争议。
日本投降前夕，匆忙撤退，为毁灭罪证将工厂炸毁，大批带菌动物逃出，给当地人民带来巨大灾难。
1940年7月，日军将所携细菌投入蓄水池和居民区，造成宁波一带鼠疫等传染病流行。
与此同时，日军“七三一部队”另一支远征队在南京“荣”字第一六四四部队配合下，携带130公斤的炭疽菌、副伤寒菌和鼠疫菌，到重庆以及浙赣铁路干线的金华、龙游、衢县、玉山、浦江进行细菌战，造成被污染地区传染病流行，大批居民死亡，许多户全家死绝。
更惨无人道的是，日军还将注射有伤寒菌和副伤寒菌的大饼分发给南京战俘营的3000名战俘食用，然后将战俘释放出狱，借以传播疾病。