叶卡捷琳娜宫办公室设36个内设机构：
(一)综合调研处。负责组织起草太子殿下在重要会议上的讲话稿等。组织起草或审核向上级部门或魔王的综合性汇报材料以及重大事项的专题报告。根据全国社会情况和政府工作重点，协调组织开展应用性的调研，形成调研报告，供太子殿下参考。
(二)秘书处。负责太子殿下相关会议会务、记录和纪要撰写。负责太子殿下牵头召开的重要会议会务工作。负责叶卡捷琳娜宫办公室工作调研的总协调。负责由太子殿下负责活动的服务保障。负责落实政府领导工作协作制度。
(三)外交一处。负责办理各外交方面的文件、会务和调研工作。
(四)国防一处。负责办理各部队相关的文件、会务和调研工作。
(五)国防二处。负责办理各军事院校方面的文件、会务和调研工作。
(六)国防三处。负责办理各军事工厂、研究所等方面的文件、会务和调研工作。
(七)国防四处。负责办理各军民共建方面的文件、会务和调研工作。
(八)安全一处。负责办理国内公共安全等方面的文件、会务和调研工作。
(九)安全二处。负责办理国家安全等方面的文件、会务和调研工作。
(一十)教育一处。负责办理各初、级教育院校方面的文件、会务和调研工作。
(一十一)教育二处。负责办理各高级教育院校方面的文件、会务和调研工作。
(一十二)农业一处。负责办理农业、农村、农民工作等方面的文件、会务和调研工作。
(一十三)农业二处。负责办理农业系统研究、技术、数据等方面的文件、会务和调研工作。
(一十四)工业一处。负责办理工业、工厂、工人工作等方面的文件、会务和调研工作。
(一十五)工业二处。负责办理工业系统研究、技术、数据等方面的文件、会务和调研工作。
(一十六)商业一处。负责办理国内关于商业工作等方面的文件、会务和调研工作。
(一十七)商业二处。负责办理外贸工作等方面的文件、会务和调研工作。
(一十八)商业三处。负责办理商业法规等方面的文件、会务和调研工作。
(一十九)医疗一处。负责办理医院、医生工作等方面的文件、会务和调研工作。
(二十)医疗二处。负责办理医疗系统研究、技术、数据等方面的文件、会务和调研工作。
(二十一)技术一处。负责办理技术研究等方面的文件、会务和调研工作。
(二十二)通信一处。负责办理通信系统工作等方面的文件、会务和调研工作。
(二十三)建设一处。负责办理各工程建设、规划等方面的文件、会务和调研工作。
(二十四)建设二处。负责办理各工程技术、法规等方面的文件、会务和调研工作。
(二十五)交通一处。负责办理各交通建设工程、规划等方面的文件、会务和调研工作。
(二十六)水利一处。负责办理各水利建设工程、规划等方面的文件、会务和调研工作。
(二十七)内务一处。负责办理民政事业等方面的文件、会务和调研工作。
(二十八)内务二处。负责办理灾害救援等方面的文件、会务和调研工作。
(二十九)司法一处。负责办理司法系统相关工作等方面的文件、会务和调研工作。
(三十)财政一处。负责办理国家财政相关工作等方面的文件、会务和调研工作。
(三十一)社会一处。负责办理社会保障相关工作等方面的文件、会务和调研工作。
(三十二)公文处。负责办公室公文处理工作。负责办公室公文处理工作的日常运转、组织协调、监督管理、培训指导等。拟订办公室公文处理规章制度及公文处理工作规范性要求。承担办公室主要领导批示件登记、分办工作。负责办公室发文审核和机要、档案、印鉴管理工作。承担办公室保密工作领导小组办公室工作。负责办公室信息公开工作。
(三十三)总值班室。负责办公室值班工作，及时报告重要情况，传达、督促落实并反各级领导批示指示。
(三十四)接待处。负责接待各级领导及其所率团组前来视察、考察、调研等接待服务保障工作。负责办公室领导公务接待活动的现场组织与协调。协助做好办公室领导外出公务活动的接待联络工作。协助做好其他调研、考察接待工作。办理办公室领导交办的其他接待任务。
(三十五)人事处。负责办理办公室的机构编制、组织人事及行政后勤事务工作，按照有关规定负责干部任免、调配、教育培训等工作。
(三十六)财务处。全面负责办公室的日常财务管理和会计核算工作。