从叶一凡回归GUtS后，tpc也开始了重新运作，tpc远东总部基地从最高警戒状态中解除，重新恢复了往日的秩序与忙碌。
克里特斯歼灭战的硝烟已经散尽，新开发区的损伤也开始了紧急修复，而在这之后，也陆陆续续出现过几次怪兽袭击事件。首先是为了追杀附身在新城身上的宇宙人而来到地球的那坦星人，其次是因吞噬地下废物发生变异的怪兽莫拉特王。
这两起事件在叶一凡的指挥下完美解决，毕竟身为未来人，也是未来Neo-GUtS的队员，现在作为GUtS副队长，他对每个队员的特点和状态都了然于心，既能清晰下达指令，又能敏锐的察觉到他们的情绪波动。
那坦星人在大古的活跃下被哉佩利敖光线消灭，宇宙人玛雅在GUtS众人的配合下选择继续在地球生活。莫拉特王被迪迦的细胞转化光线安抚，自身所有的细胞按同比例缩小还原成莫拉特鼠，在动物园的牛棚中被丽娜取名为小莫拉，最后由动物园的饲养员山本大叔所饲养。
但莫拉特王的事件，和克里特斯一样，也是人类对地球影响所造成的悲剧，但这样的悲剧不止发生过这两次。
西利赞、雷伊洛斯、立特玛鲁斯、加佐特、莫拉特王......这几只因人类影响而出现的怪兽，已经为人类敲响了警钟，于是tpc召开了一次人类活动与地球环境的高层会议，探讨因人类发展造成的地球怪兽问题。
会议上，吉冈局长一派还是强调发展武力以应对威胁的现实性，他认为这就和克里特斯歼灭战一样，人类无法改变现有的状况，只能以手中的武器去维护属于人类自我的利益。
而居间队长还是觉得，应该先关注人类历史活动中对地球生物造成的影响，以及探索非毁灭性的解决方案。
最后tpc决议，全面评估现有主要技术对地球生态圈及潜在地外感知的长期影响，同时建立全球性的异常现象数据库，优先尝试防范而非毁灭。
但对于怪兽日益造成的破坏，吉冈局长的提议并没有被完全否定，以wING系统开发者樫村博士为代表，GUtS计划从飞燕二号为主，以飞燕一号为辅，开发一种新的GUtS战斗机种。
飞燕号本来不是为了战斗而生，但对于出现的巨大怪兽，叶一凡也认为应该先提升GUtS的战斗力，于是GUtS飞燕Ex-J号的建造计划启动，去除原先GUtS飞燕二号的德克萨斯炮，Ex-J号被设计成机首拥有小型子机的合体机型，在距现场较远处两机合体，而在现场两机分离，因此可以利用两架飞机的机动能力进行交叉火力攻击。
这也是后面GUtS神鹰号和GUtS飞燕US-J号的雏形。
会议结束后，又发生了智慧生命体比佐摩的袭击，不过GUtS也很顺利的解决，之后又是怪鸟茜拉与滋尔达气体的事件。
滋尔达事件，让tpc又一次反思怪兽与人类的关系，新城第一次真切意识到并非所有怪兽都是纯粹的破坏者，它们的存在本身，有时就是人类罪孽的映照。
接着而来的就是吸血鬼休拉诺斯的事件，不过这事件在叶一凡的指挥，以及记者小野寺的活跃下被解决，时间也从2008年彻底进入到2009年。
这一年，对叶一凡来说蕴含着远超寻常的意义。
据他所知的信息，时空将在今年被撕裂，时空怪兽戈尔德拉斯就是这一年到来的，那或许是他唯一能重返自己时代的机会。然而未来的阴影也如影随形，毕竟2009年之后，便是2010年......那个被旧日支配者加坦杰厄的终极黑暗所笼罩的年份。
之后在2009年的某天，泽井总监同秘书官乘坐的tpc-1运输机与司令室的通讯中断了，GUtS司令室内众人开始讨论起泽井总监的安危。
“队长，你也不知道总监去哪了吗？”
司令室内，众人担忧的话语传入居间惠耳中，对于tpc最高人的失踪，居间惠同样担忧但她也摇头说：“我只是听说他要去参加一个绝密会议。”
野瑞看着搜索到的画面说：“可是在那一带，只有克里莫斯诸岛啊。”
说到克里莫斯诸岛，居间惠瞪大了眼睛，仿佛是想起了什么往事，而叶一凡注意到则问：“怎么了？”
“我听说过，当年防卫军移至地球和平联合军组织的时候，在南方岛上的秘密基地，各国首脑曾经举行过高峰会议。”
说到这个，居间惠回忆起tpc还未建立时候的故事。当时国际上通过了第一个允许各国使用武力的决议，美国等多国部队进入了战争状态，但苏联刚刚解体，旷日持久的冷战终于走向了终结，但随之而来的是新的战火。
在那个年代，和平并没有真正确立，联合国一直被各种大国所支配着，但来自地球外部的威胁已经不能让人类停留在内部的纠纷上了。
泽井总监本来想在联合国内部设立处理外星人事件的机制，但这提议最终被否决，最终泽井总监以联合国为舞台，一步一步推动着各国合作而奔走，其中克里莫斯诸岛就是泽井举行会议的地点之一。
那时泽井想要实现的目标是何等艰难，即使是现在的大古也很容易想象到，为了这位提拔他的伯乐，大古打破了原有的淡定说：“不能再等了！队长！让我也参加搜索行动吧！”
居间队长看向这个青年，想到了第一次见他时候的场景......她知道泽井总监对这位队员的意义不止是一位领导，但对于tpc的政策，居间惠还是摇了摇头。
新城和丽娜在一个小时前已经驾驶GUtS飞燕二号前去搜寻了，居间惠想等到他们的下一步消息再说，但就在此时，司令室无线电中丽娜的叫声。
众人抬头望去，看到了一种难以置信的东西。
屏幕上，翠绿岛屿轮廓正被一种巨大而诡异的红色光晕完全笼罩。这光芒并非来自天际，更像是从岛屿本身蒸腾而起，形成一片流动的赤色光海，覆盖了整片海域。
那赤色的光辉如同活物般向上延伸，它无声无息吞没了GUtS飞燕二号，一层浓稠如血般的光泽爬上了机身，战机此刻像是坠入了一片由纯粹光芒构成的死亡之海。
“红色的极光！我们被拖住了！新城队员！”
飞燕二号内，整个驾驶舱都被染成红色，机身也像被无形的手掌托住般剧烈颠簸。丽娜无法稳定住手中的操作杆，只能求助背后的新城。
后座的新城第一时间解开安全带，冲上来试图稳定操作杆，但猛地使劲居然拉不动，他自己也流下一排冷汗。
光维持着前冲转向是不行的，作为GUtS的天才飞行员，丽娜立马想出对策说：“用蛮力是不行的！要用控制杆锁定，逆向喷射！”
“好！”
新城回到自己位置，丽娜驾驶飞燕二号进行了逆向喷射，巨大的喷气从二号机机首喷出，反作用力让飞燕二号向后一退从而逃离了红色极光的牵引。
“队长，我们脱离了......”
听到了丽娜混杂着疲劳与释然的声音，司令室内的众人这才松了口气，但野瑞这时又大喊一句：“全世界的电视新闻网被强制介入了！”
刚刚发生这么诡异的事，现在又是信号的强制介入，居间惠认为两者之间可能有什么关联就说：“播放出来。”
野瑞点点头，开始在电脑上操作出来，随后一副画面显示在司令室主屏幕上，但看到那幅画面后，众人就傻了眼。
画面上的人穿着紫色的tpc制服，正是失去了通讯的泽井总监。他此刻好像坐在某个房间里，背后是各国国旗，然而他脸上毫无往日的睿智与温和，只有毫无生气的漠然，眼神空洞得如同雕塑。
“总监？”
居间惠、大古和崛井露出以置信的表情，叶一凡则冷漠的看着屏幕上的画面，因为他知道这个泽井总监后面会说什么，所以他也在脑海里准备着后面的应对计划。
而在画面上，泽井总监依旧冷漠，那眼睛里没有属于人类该有的色彩，只是用仿佛独裁者的姿态进行讲话。
“克里莫斯诸岛从今天上午开始，宣布成为独立的国家。我是本国的元首，泽井总一郎。我们将把地球和平联合组织tpc，逐渐转移为以克里莫斯诸岛为首都的、世界统一国家的行政机关之一。”
“除此之外，凡擅自闯入本岛领空的，一律予以击毙！”
说完这个大屏幕就黑了，显然是对面结束了通讯，但此刻司令室陷入了莫大的震惊中。
震惊、困惑、难以置信的情绪在每个人脸上交织，而叶一凡就静静站在一旁，目光依旧凝视着已经暗下去的主屏幕。
泽井被劫持，克里莫斯诸岛独立宣言，这段历史他知道。这是戴西斯星系人发动的一次，旨在颠覆tpc和平理念，从而统治地球的一段戏。
这并不是地球内部的政治斗争，而是外星势力利用了tpc的构建体系，进行的一次精密且危险的渗透与颠覆行动。
如果是之前，叶一凡可能还会任这段历史继续发展，但此刻叶一凡作为副队长，直接对野瑞下令说：“野瑞队员，分析这段图像，顺便解析一下红色的极光，然后想办法把克里莫斯诸岛的内部构造图弄到手。”
“明白！”野瑞立刻埋头操作。
听到这段命令，居间惠有些诧异的看向叶一凡问：“叶Sir，你想？”
叶一凡没有回答，只是点点头。居间惠从他这个动作就知道，这个未来人又一次利用他脑中的历史对现在进行了干涉，但这就表明，屏幕上那个泽井总监，以及他说的那些话有问题。
居间惠队长眉头紧锁，脸色前所未有的凝重。她了解泽井总监，毕竟曾经就被这个人的个人魅力所吸引，从而暂时放弃大学学业，成为他的实习秘书。
那个毕生致力于消除国界、推动地球和平统一的老人，他的理想与屏幕上那个冰冷、独裁的元首形象截然相反，居间惠还想起高中刚毕业时，第一次见到他时他说的话。
“迄今为止，人类已然取得了惊天动地的进步，并构造出如今这个社会。然而，如果不能居安思危，在将来更有意识的推动人类继续向前进步和发展的话，就会导致严重的后果。”
这或许就是那个的报应......
但此刻，GUtS需要做的就是等待一个结果。