查克拉在不同语境下具有不同内涵，一般指自我精神能量与身体能量平均混合的产物 。
体力由精神能量和身体能量构成，而体力明显区分于查克拉，也就是说，在经过某种加工之前，我们不能说人体内所具有的查克拉是由人体内最初的精神能量和身体能量构成的。
体内一百三十兆细胞产生的身体能量与精神能量的混合叫做“体力”，“体力”是发动体术的基础。体力在体内转化为查克拉，忍者提取查克拉后可经由“结印”使用“术”。简言之，不论是否具有查克拉，每个人都具有精神能量和身体能量。
至于查克拉的产生，其实是将精神能量与身体能量“这两个要素平均的混合在一起”
根据宇智波一族石碑的记载，查克拉被六道仙人用于连接人们的精神能量（斑称之为“相连”的力量），以便于忍界更好的交流与发展，这也就是说明精神能量不是查克拉的一部分；但后来，人们不再使用查克拉连接精神能量，而是用查克拉连接自己的精神能量和身体能量，和辉夜一样，把查克拉作为一种武器，这样就是说明，查克拉实际上是“一把钥匙”，一把连接身体能量和精神能量的钥匙（或者连接精神能量与精神能量；根据仙术的作用机制，也可以连接自然能量）。
据宇智波斑所说，神树是天地创始之物，被人类尊为神柱，顶礼膜拜。神树从未卷入过任何人类的战乱。神树是一切查克拉的根源。所有的忍界忍者身上的查克拉皆源自神树。突然有一天，神树上竟结出圣果，圣果一千年才会结出一次。但人类的祖祖辈辈皆留下祖训，万万不可染指圣果。但是由于人类无休止的战乱，一名公主求胜心切，竟偷食了圣果。她的名字叫做大筒木辉夜。传闻公主之后得到了神的力量，凭一己之力平定了战乱。这位公主是第一个拥有查克拉的人类。她的儿子体内与生俱来就具有了查克拉。而被夺去圣果的神树为夺回查克拉，变化为十尾的模样，开始暴走，这就是十尾。漫画中明确指出，十尾实际上就是大筒木辉夜意志的化身。大筒木辉夜的儿子成功地阻止了十尾，他的名字叫做大筒木羽衣，他阐明了查克拉的真理，开创了忍宗，是忍者的始祖。他还有一个名字叫做“六道仙人”。
阴的性质变化与阳的性质变化是查克拉特殊的性质变化。阴的性质变化与阳的性质变化又称阴遁和阳遁。
阴遁，利用精神能量，能从无中创造出物质形象。阳遁，利用身体能量，将查克拉或意志注入无机物，使其拥有生命。六道仙人调和阴遁和阳遁，使用阴阳遁之术开发出“万物创造之术”，并非使用阴遁之术和阳遁之术创造世界。
阴的性质变化比如奈良一族的影子束缚术、山中一族的心灵忍术等，而阳的性质变化比如秋道一族的倍化术、医疗忍术等。