西班牙驻台湾基隆的守将名叫波特里澳，他本来满心欢喜的到码头来迎接西班牙远征军的副司令官，但万万沒有想到，回敬他的，却是黑洞洞的枪口。
其实这根本就是一场毫无悬念的战斗，甚致都不能称为战斗了。因为波特里澳毫无防备，只能在码头边上策手就擒。商家军兵不血刃，甚致连枪都没有放一声，就占领了码头，然后留下一部份士兵守卫码头，商毅和亚莉桑德拉立刻指挥着军队，直扑基隆城。不过在这个时候，基隆还叫做鸡笼。
商家军在鸡笼城下，同样没有遇到什么抵抗。因为波特里澳出奇的配合，叫开了鸡笼城的城门，也免去了一场攻城战斗，尽管商家军也为此准备了十门火炮，其中还有两门是重型火炮。
这到不是波特里澳想投靠商毅，而是因为尽管这只是商家军的先头部队，但人数也达到了一千六百多人，而且全副武装，武器精良，还有十门火炮。而西班牙在鸡笼城里的守军一共才二百多人，加上土著兵也才四百多人, 也沒有重型火炮。波特里澳也明白，鸡笼城里的西班牙军也根本就不可能是商家军的对手，负隅顽抗只有死路一条，同时商毅也向他保证，只要放下武器投降，将保证西班牙人的人生安全，因此波特里澳也别无选择。
商家军十分顺利的开进了鸡笼城，解除了西班牙军队和土著军队的武装，控制他们的行动，并占领了全城。到了黄昏时分，后续的大队船队也到达了鸡笼港，同时也占领了鸡笼港外的社寮岛（基隆和平岛）。而波特里澳见了,也更加庆兴自己的选择，以这样一支兵力，就算是攻占全台湾，也不会费太多的力气，那是自己这一个小小的鸡笼城能够阻挡得了。
当天晚上，商家军就在鸡笼城外驻扎，商毅则毫不客全的住进了波特里澳在鸡笼城里的府邸里。
这个时代的台湾才刚刚开始开发，本身的生产还十分落后，土著基本都还停留在原始社会的生活水平。像样的城市没有几个，鸡笼城实际还不如浙江的一个普通小县城。所谓的城墙，也不过就是个土围小。不过经过了颜思齐和郑芝龙二代的几次大规模移民之后，先后有数万明朝百姓移迁到台湾，也初步带动了台湾的生产发展。在鸡笼城里，就有一千余名汉族百姓居住，另外还有一千多当地的土著。
商毅招见了几名百姓中比较有威望的老人，声明自己是代表大明朝廷，来收复台湾，让他们不要害怕，各安生产。并出重赏寻代向导。
虽然这些居民对商毅的说法也是半信半疑，但商家军进城之后，军纪严明，包括亚莉桑徳拉的西班牙雇佣军在内，确实也对城里的居民都是秋毫无犯，而且还帮居民们做事，和以住西班牙军队的行为确实是大相庭径，再加上毕竟是同根同源，本能也要亲近一些，而且大明朝廷在华人心目中，还是有一定的威信力，因此也就慢慢放松了戒备之心。同时也有人应征，充当向导。
西班牙人是在1628年开始在台湾驻军，他们就是在鸡笼港登陆，并在台湾北部先后建立了圣地亚哥城（台北县三貉角）、至萨尔瓦多城（基隆和平岛）、圣多明哥城（淡水）等三城。因为鸡笼正好位于这三城形成的三角形中间，因此西班牙人也称鸡笼为“至圣三位一体城”。 在1634年西班牙军对出兵攻占了噶玛兰（宜兰），将台湾的东北部全部化规为自己的势力范围，建立起殖民统治。
现在鸡笼、社寮岛都被商家军占领，而在第二天一早，商毅就下令，分兵三路，在向导的带领下，还带上了几名西班牙军的军官，向西班牙人的另外两座圣城：圣地亚哥城和圣多明哥城，以及噶玛兰发动进攻。全面夺取西班牙军在台湾的地盘。
西班牙军在台湾的驻军最多时达到一千五百余人，但在1638年因为菲律宾总督科奎拉征伐摩洛族，需要兵源，因也从台湾调走大部驻军。这时全台守军不足七百，只能集中兵力来守卫鸡笼和噶玛兰两地，圣多明哥城几乎己经完全放弃，圣地亚哥城的守军也只有一百多人。只有在噶玛兰到是还有二百四十多名守军和五百多土著兵。
因此在商家军的兵锋所到，又有西班牙军的军官劝降，圣地亚哥城和圣多明哥城都开城纳降，沒有暴发过一场战斗。只有驻守噶玛兰的西班牙军却拒绝了劝降，同时也对商家军的危胁：破城之后，所有西班牙士兵一率枪决。不屑一顾。坚决要与商家军一战。
于是商家军又等了一天，才向噶玛兰发动进攻，结果在商家军的十门火炮的轰击下，不到一个时辰，噶玛兰的土围城墙即土崩瓦解，而守卫噶玛兰的西班牙军和土著兵也被打得死伤惨重。这才知道双方的实力相差太远了，只好也投降。整个战斗只用了不到半天时间。
而至此，西班牙人在台湾的势力也全部都被商家军接收。离商家军踏上台湾的土地，仅仅只有三天时间。
随后商毅下令，通知商家军管辖地区内的各华人，当地土著，到鸡笼城来参加会议。
台湾土著在后世统称为高山族，实际可以细分为泰雅、赛夏、布农、邹族、鲁凯、排湾、卑南、阿美、达悟-邵族等十余个族群。台湾土著是以社为居住单位，大体相当于村、寨一类。一个社少则一千余人，多则有五六千人。
在台湾东北倍围绕鸡笼和淡水一带，可大体划分为三个区域：淡水河流域、鸡笼东北角一带以及兰阳平原。基本上相当于后世的新北市、台北市、基隆市、桃园县、宜兰县等地，总面积约为二千七百多平方公里。根据西班牙人的资料，在淡水河流域的土著人主要有武胜湾社、基马逊社、圭柔社、八里坌社、北投社、里族社等；鸡笼东北角的土著人主要有三貂社、金包里社等社；位于东部沿海的兰阳平原上则分布着哆啰满社、葛玛兰等社。总计人口约有四万佘人。另外在这些区域內定居的华人也超过了七千。形成了十余个大小华人群落。
经过了十几年的共同生活之后，华人与台湾的土著基本能够相处融合，一来目前台湾还是地广人稀，土地并不紧张，土著以渔猎为生，而华人从事耕作，双方并没有太多利害沖突，相反还能够互补。而另一方面也是因为中国人的性格温和，凡事以和贵，习惯于靠自己的劳动来换取财畗，而不像欧州人那么野蛮凶残，掠夺成性。而且华人还经常与土著交换商品，用粮食、盐、糖一类物品换取兽皮，金、银矿产等物，因此一般土著对汉人都比较友好，而且也非常倚重他们。
几天之后，附近二十多土著村社以及九个华人村子里的头领人等都聚集到鸡笼城，在露天集会一起。
商毅首先向众人着重申明，台湾自古以来，就是中国的土地，不容外人侵占。并且又表明，自己是大明的浙江总系，代表大明朝廷，进驻台湾，驱逐西班牙人。而且从此以后，将在台湾长期驻军，保卫中国的领土。
这番话对土著的触动并不算太大，但来的几十名华人的代表却都颇为兴奋，毕竟是受自己祖国军队的保护，谁心里也都踏实一些。而且有些人对商家军还有些耳闻，知道一些商家军的事迹, 因此也更为安心了。
而接着商毅又下令，将俘虏的噶玛兰抵抗的西班牙士兵一百一十七人和土著兵二百四十一人都押上来，当众宣布他们的罪行：侵占中国的土地，顽固抵抗，西班牙士兵为主犯，全部都执行枪决，而土著兵为从犯，罚做苦力十年。而且当场众人的面，马上就进行枪决。
几轮枪决之后，一百一十七名西班牙士兵全都倒地身亡，也在场给所有人都带来了不小的震动，既高兴但又害怕，因为西班牙人对自己势力内的华人及土著完全就是以武力征服，而且对他们压迫得十分厉害，毎个村社都要向他们交纳大量物品，并且还要派出大量人力，帮助西班牙人进行建城，修路，建码头等等工作。因此华人和土著对西班牙人都十分痛恨，看到商家军处决西班牙人，自然都很高兴，至少也觉的是出了一口气。
但他们也都清楚西班牙人的武力，他们仗着有先进的武器，过去往往一百名士兵就能打败一个村社。但就是这样一支军队却被商家军彻底打败，而且商家军也使用西班牙军同样的武器，由其是那些土著看了，心里也不免有些害怕起来。
好在商毅随后又马上说明，保证商家军不会向西班牙人那样，压迫众人。同时又宣布，废除西班人制定的一切进供、税收。并且希望华人和土著人能够各安生业，和平相处，公平交易。但必须服从商家军的命令，和用人差遣，当然商家军会提供相应的报酬。同时也告诉众人，以后如果有反抗商家军统治的，不尊守商家军的命令，那就和这些西班牙士兵、土著兵是同样下场。