小新和奈奈在前往圆珠市的路上，来到了一片森林打算在这里暂时休息一会再出发。
奈奈:“师傅那个草丛好像有什么东西。”奈奈发现一个草丛中有一个奇怪的东西，小新拨开草丛一看是一只阿利多斯。
小新:“原来是阿利多斯啊！”
奈奈:“阿利多斯？”
小新:“就是之前你在桧皮道馆对战过的圆丝蛛的进化型啊。”
奈奈:“原来是圆丝蛛的进化型啊。”
就在小新和奈奈聊天的时候“我找到你了阿利多斯。”
小新和奈奈:“嗯……？”
小新:“这个声音是？”没多久一名女子带着一只毛球出现在小新和奈奈面前。
小新:“你是……浅红道馆的阿雅。”
阿雅:“你是……小新！没想到你来成都了。”
小新:“是的，我是来挑战成都联盟的。”
阿雅:“原来如……”就在阿雅还没有说完阿利多斯突然醒了过来跑了。“毛球使出麻痹粉。”虽然毛球使出了麻痹粉但阿利多斯用蛛网离开了。
阿雅:“糟了，毛球赶快追！”说完和面前去追阿利多斯了，小新他们也是很好奇于是跟了上去。
“使出毒针。”毛球听到后使出了毒针击破了阿利多斯的蛛网，阿利多斯掉了下来。
“毛球好机会使出冲撞。”毛球听到后使出了冲撞不过突然响起一个声音。
“上当了吧。”突然一张蜘蛛网网住了毛球。
阿雅:“毛球！”
奈奈:“毛球它是怎么了？”
小新:“是蜘蛛丝。”
奈奈:“蜘蛛丝？”
小新:“我想阿利多斯一开始就在这里设下了陷阱。”
阿雅:“毛球振作一点。”
“记住吧一时的疏忽大意会招来失败的。”随后因为白发穿着忍者服的人突然出现。
奈奈:“大叔你是什么人？”
阿雅:“我输了园长先生。”
小新和奈奈:“园长先生？”
园长:“看来你的修行还不够，阿雅。”
阿雅:“是，我还没有真正学会宝可梦忍术的奥义。”
奈奈:“宝可梦忍术？”随后小新和奈奈跟着阿雅还有园长来到了森林里的一座大房子前。
奈奈:“哇！这里有很多的宝可梦啊！”
园长:“我的宝可梦忍术学院中有许多学生日以继日的努力学习宝可梦的忍术，阿利多斯的蜘蛛网，毛球的麻痹粉，飞天螳螂的影子分身，榛果球的满地星这些全是宝可梦独特的忍术。”
小新:“原来如此这个学院听起来很有趣的样子。原来阿雅小姐正在做宝可梦忍术的训练啊。”
园长:“嗯，没错阿雅是我亲自训练的学生。”就在这时阿雅出现。
阿雅:“打扰了茶泡好了。”随后把茶端了进来。随后奈奈对宝可梦忍术非常感兴趣，不过小新并没有想法，所以只有奈奈先入学一天看看。奈奈是先体验了一下圆丝蛛的面膜，不过要小霞来的话简直要她的命，小新则是被奈奈强烈要求下参加了。
而后进行了对战小新和阿雅开打了。