荷军的据点台湾城、赤嵌城位于台南市。这里海岸曲折，两城之间有一个内港，叫做台江。台江西南面有七座山屿相连，叫做七鲲。每座山屿相距1里多，彼此“毗连环护”。一鲲北面隔 海有北线尾小岛，其间海面叫大员港（又称安平港）。北线尾北侧为鹿耳门港。荷兰人修筑的城堡台湾城在台江西侧的一鲲，赤嵌城在台江嵌批的东侧，互为犄角。从外海进入台江有两条航路：一条是大员港，叫南航道，在北线尾与一鲲之间；一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即“鹿耳门航道”。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。龙成云就是在南航道外观察，他已经看见下员港里面的舰船了，看样子彼得纳茨已经得到了袭击失败的消息，已经召回所有战舰，东侧的赤嵌城也是人声鼎沸，防守力量已经增加了不少。龙成云回到议事厅，一众军官也跟着回到议事厅坐定，龙成云沉声说：“大家说说自己的想法吧。”
母小鱼对这次吃亏耿耿于怀，见龙成云发话接着就开口了：“看样子这些荷兰人已经得到了消息，也说明他们袭击我们是有预谋的。从刚才观察的看，这彼得纳茨现在犯了一个错误，他把所有舰队集中在大员港，这样对付其他人是对，但用来对付我们就大错特错了。我们炮火强大，运动能力不足，士兵经验差，巴不得和他们打呆仗，打决战。这些舰队放在外面我们可能就麻烦了，里应外合，我们根本无法集中力量进攻赤嵌城。现在消灭他们舰队没有问题，难在攻打赤嵌城，这城位置很高，周围也没有什么遮蔽物，受地势影响，我们的炮火射程也没有优势。”说完叹了口气，如果强攻肯定会付出不少代价。施琅想了一会儿，开口说：“也不是没有其他办法，我们可以从鹿耳门港进入，从东侧进攻，这边地势较缓。但这里的水道较浅，暗礁很多，大的船进不去。我刚才算了一下，下个月的初五有次大潮，大船应该能够进去，但到下月初五至少有十多天，山东那边可等不了。”
施琅是从山东赶过来的，带了五条战舰过来，他提出的方案与四十年后郑成功进攻赤嵌城的方案惊人的相似。1661年四月初一中午，鹿耳门海潮大涨，郑成功命令众将士按图迂回而进。郑军大小战舰顺利通过鹿耳门后，立即兵分两路：一路登上北线尾，一路驶入台江，在禾寮港（今台南市禾寮港街）登陆。郑军从禾寮港登陆扎营后，即遭到赤嵌城荷军的炮击。同时，荷军又放火焚烧马厩、粟仓。郑成功“恐被焚烧粮粟”，派杨英等率军前往看守堵御。接着，郑成功调整了部署：命令左虎卫王大雄、右虎卫陈蟒率领统船控制鹿耳门海口，以便接应第二梯队登陆；令宣教前镇陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城荷军于腹背受敌的境地，另派兵一部切断赤嵌城与台湾城的联系，从海、陆两面打败荷兰侵略军的反扑。荷兰海、陆作战均告失败，赤嵌城和台湾城已成为两座孤立的城堡，相互间的联系完全割断。荷方承认，当时赤嵌城守军“力量单薄，处境危急”，“热兰遮城堡也由于地势关系，难以坚守，热兰遮市区更是完全处于敌军的包围和控制之下”。郑成功随即加紧对赤嵌城的包围。该城周围45丈，高3丈6尺，城墙上有4座炮楼。四月三日，郑军的士兵在赤嵌城外抓到了描难实叮的弟弟和弟媳。郑成功对他们讲明利害，令其回城，劝说苗难实叮投降。接着，又派部将杨朝栋和翻译吴迈、李仲前往劝降，表示绝对不会加害他们，并允许荷兰人带走自己的财产。四月四日，赤嵌城的水源被台湾人民切断。描难实叮见援兵无望，孤城难守，不得不挂白旗投降。这样，郑成功在登陆后第四天，就收复了赤嵌城。
但郑成功的进攻方案用不了，山东那边还有三万多俘虏要运回琼州，如果运不走，王佑安他们就动不动了，如果明王朝的军队到了还可能节外生枝，甚至无法运走。龙成云反复想了一下，沉声说：“施将军对当地水文熟悉，就带小船佯攻北线，控制鹿耳门海口，如果能在禾寮港登陆，就根据实际情况切断赤嵌城对外的联系。”转头对母小鱼说：“集合所有舰船直接进攻大员港的舰队，直接把他们送给龙王爷。”又接着对几个警察部队的军官说：“海军完成摧毁敌舰后马上集中炮火攻击赤嵌城，你们马上就要发起登陆作战，荷兰人也是用火枪的，你们要做好防护尽量控制好伤亡。警察部队也是第一次在外独立作战，你们可别丢我的脸啊。”