“不可思议花园啊，我也好想看一看。”小智一脸憧憬的看着外面说道，“皮卡丘，你也这么认为对不对？”
“皮卡皮卡！”
而另一边病床上头上贴着创可贴的妙蛙种子则是看向了小智的方向，它也感受到了那股让它进化的能量，但是它却不愿意舍弃自己现在的身体，因为它知道，小智最擅长指挥的就是位移灵活的神奇宝贝对战，而自己进化后则是会丧失自己现在引以为傲的速度。
而在这片森林中，一群妙蛙种子正受到了那股自然之力的引导，整整齐齐的前往了那幻影一般的不可思议花园。
深夜，迷茫的妙蛙种子从离开了神奇宝贝中心，它打算去外面散散心，但这一小动作也被还在训练的叶藏发现了，叶藏随即去找了在一旁感受自然之力的夜天。
夜天感受到了妙蛙种子的离去，便对叶藏说：“不用担心，它只是需要一些时间思考，你去把小智他们叫醒吧！”
叶藏点点头，随后便跑进了神奇宝贝中心里面去叫醒了小智几人，紧接着为了找到妙蛙种子的踪迹，夜天与小智三人踏上了搜查之旅，不过小智却是让皮卡丘如同卡蒂狗一样在嗅着气味，以此来判断妙蛙种子的动向。
某家警察局的卡蒂狗：最近的同事的种族怎么越来越多了？之前来了一只紫色胖子，现在又来了一只黄皮耗子。
妙蛙种子走到了森林深处，看到了许多和它一样的妙蛙种子正在向着不可思议花园前进。它犹豫了一下，最终还是跟了上去。
当它到达不可思议花园时，被眼前的景象惊呆了。这里到处都是美丽的花朵和神秘的力量，妙蛙种子感到自己的内心得到了某种平静。
然而，就在这时，一只巨大的妙蛙花从树洞里面出现了，妙蛙花的身体呈蓝绿色，头上有一对耳朵，眼睛呈橘红色，嘴里有牙。妙蛙花的身体比它的进化前身都要更大，并且它在战斗之外比它们移动得更慢，不过它仍然是四足行走。
它背上的花蕾现在盛开成一朵巨大的红色花朵，有六片巨大的带着白色斑点的花瓣，用一个棕色的树干状物支持着，看起来像棕榈树。
妙蛙花有青蛙状的疣，耳朵内部现在是红色的，爪子上有三个趾，腿也变得更加粗壮，并且身上自带的霸主气场也让周围所有的妙蛙种子感受到了恐怖的压迫感。
“班纳！”只见从树洞走出的妙蛙花站在前方的巨大树桩上，朝着底下的妙蛙种子们发出帝王般的吼声，底下的妙蛙种子也都安静了下来。
而另一边的小智和夜天一行人则是在路上遇到了无数粗壮的藤蔓，阻挡一行人的前行，夜天随即释放出常磐之力安抚住了这些藤蔓，紧接着在夜天带着小智一行人过去后，那些藤蔓就再次出现拦住了来路。
“原来如此啊，怪不得不可思议花园从来没有人看过。”小刚醒悟道。
“应该是这里的领主神奇宝贝为了防止有人类闯入而做的措施！”夜天说道。
“大家！皮卡丘已经找到妙蛙种子了！”小智朝着众人喊道。
只见随着无数花粉的飘散，一大群妙蛙种子站在宽阔的草地上，脸上露出喜悦的笑容，紧接着聚集在此的妙蛙种子开始进行歌唱，赞美进化祭典的到来。
“种子～种子～种子……”
而那只霸主妙蛙花则是释放出自然之力协助场上的全部妙蛙种子开始进化，只见无数花粉从妙蛙花的花蕊上飘散。
小智紧接着拿出了神奇宝贝图鉴对准了霸主妙蛙花：“滴！妙蛙花！种子神奇宝贝， 开在背上的大花，会吸收太阳的光芒，并转换成体内的能源。花中散发出来的香味，能使战斗中的宝可梦平静下来，安抚它扪的心情。”
“好大的妙蛙花啊！”小智惊叹道。
另一边的藤蔓墙外，火箭队看着面前的藤墙面面相觑。
“这下子要怎么办啊？”武藏问道。
“就是啊！喵喵可不会一字斩啊！”小次郎吐槽道。
“我错了！行了吧！”喵喵没好气的说道。
“不过我们火箭队有文明的利器！”紧接着火箭队拿出了斧头，锯子，喵喵更是直接双刀流镰刀朝着藤墙砍去，紧接着就被藤蔓打得屁滚尿流的逃跑了。
而不可思议花园里面，霸主妙蛙花飘散出来的花粉，在进入了那些妙蛙种子背上的种子后。
随着耀眼的白光散发，这些妙蛙种子背后的种子逐渐开出粉色的花苞，从花苞基部长出了四片形似芭蕉叶的绿叶，呈十字形张开，分别向头顶，身后和身体两侧伸展，纷纷进化成了妙蛙草。
小智随即将神奇宝贝图鉴对准了妙蛙草：“滴！妙蛙草，种子神奇宝贝，据说长在背上的花苞在吸收足够的养分后，就会开出大大的花朵。当花苞发出香味时，就预示着它快要开花了。”
随着进化仪式的结束，妙蛙花与妙蛙草就准备开始进行祭典的下一环节，赞美给予它们力量的大自然。
“对了，妙蛙种子！我的妙蛙种子有进化吗？”小智突然反应过来自己是来找自己的妙蛙种子的，随即扭头看向自己的妙蛙种子。
“小智，你的妙蛙种子可能是不愿意进化！”夜天看着一旁正在流着热汗，挣扎的抵抗着自己身体的变化，努力克制自己不让背上的种子生长，一直压抑着身体浮现的进化光芒的妙蛙种子说道。
而选择了不进化的妙蛙种子赫然成为了所有妙蛙草中的异类，自然而然的引起了王者妙蛙花与众多妙蛙草的注意，妙蛙花质问的朝着妙蛙种子发出了吼叫。