海盐令一看刘裕这打得也太爽了，佩服得五体投地，于是派遣儿子鲍嗣之率吴兵一千，请求作为前驱。
刘裕虽然觉得不妥，但是盛情难却，只好说：“你们不要小看孙恩，贼兵甚精，你们不经常作战，没有经验，若前驱失利，必败我军，这样吧，跟在我后面，摇旗呐喊以壮声势就行。”
鲍嗣之年轻气盛，死活不干，就要当前锋。
刘裕见苦劝不住，只好苦笑着答应下来，同时暗暗琢磨善后，给这个小伙子收秋，他觉得把握不大。
于是刘裕命令手下多伏旗鼓。
鲍嗣之前驱既出，和孙恩交战到一处，果然没打过，往后退却，刘裕引兵接应，一顿猛杀，孙恩兵士死伤甚众，这时诸伏皆出，举旗鸣鼓，孙恩以为四面还有大军杀将过来，恐惧乃退。
本来这就算可以了，刚想夸奖小伙子两句，一转头，人没了，一问方知，鲍嗣之转身又追了上去之，刘裕大呼不好，赶紧组织人马随后支援，这回鲍嗣之可没那么好的运气了，被孙恩反过来，咬住包围，立战而没。
刘裕一见救无可救，只好且战且退，他本来没多少人，又战死了许多，处境很是危险。
退到刚刚设伏的地方，刘裕命令左右快速脱下孙恩死亡军士的衣服，穿上！来不及换的全部卧倒装死！
孙恩带兵杀回，看到一票自己的军士正在翻动死尸，像在找寻财物，表情闲暇，没事人一样，也是将信将疑，慢悠悠地靠近过来。
刘裕用眼看着他们，从容不迫，心里掂量：“五十步，不行！太远，二十步，还不行，有点远！五六步了！可以了！”
于是大喝一声：“杀！”手中旌旗一挥，手下兵众突然一起反击，孙恩又被杀了个措手不及，人仰马翻，慌乱之中，四散而去！刘裕整顿部队，退回海盐大营。
孙恩被刘裕缠磨得心烦意乱，卢循道：“不要理他，让他在后面跟着吧，我们直取建康！”
于是孙恩再整兵马，六月份，杀奔丹徒，战士十余万，楼船千余艘，建康震骇。
内外戒严，百官入居省内；
朝廷派遣冠军将军高素，驻守石头城；丹阳尹司马恢戍守南岸；辅国将军刘袭截断淮口，左卫将军王嘏等屯兵中堂，征豫州刺史谯王司马尚之入卫京师，可真是是严阵以待。
刘牢之得知孙恩要奔袭建康，连忙自山阴率兵，试图截击孙恩，赶到一看海边，没人，一打听才知道孙恩已经跑过去了，完美错过，刘牢之一拍大腿，我勒个去，这不完了吗？
赶紧飞马传书，派遣刘裕先出兵自海盐入援丹徒。
刘裕兵不满千人，倍道兼行，几乎与孙恩一起赶到了丹徒，可真是兵贵神速，就是人太少了！
丹徒守将一看刘裕这点人马，加以涉远疲劳，跑得上气不接下气，心里话，这能行吗？一时之间斗志全无。
孙恩帅众鼓噪，登上蒜山，准备一冲而下，刘裕一看上山了？太棒了，帅所部，突然从另一侧爬了上去，从山头扑下，一顿狂杀。
等到孙恩看见山头上的刘裕时，简直生无可恋，这个鬼，怎么又撵上来了！
孙恩部众顿时士气大颓，刘裕一鼓作气，大破之，孙恩部众，投崖赴水者甚众，孙恩也狼狈下山，几乎只剩孤身一人，回到了大船上。
孙恩一咬牙，丹徒不打了，不跟你刘裕玩了就是，恃众整兵，径向京师。
后将军司马元显率兵一路拒战孙恩，屡战屡败，各个关口不断被攻克，会稽王司马道子更无谋略，只能日日烧香拜佛，祈祷侯庙。
孙恩渐近建康，百姓恐惧。
好在这时，谯王司马尚之，率精锐骑兵进入建康，直接屯兵积弩堂，民心稍稳。
孙恩楼船高大，又起溯风，不得疾行，经过数日才来到白石垒。
孙恩本来以为东晋诸军分散，欲快速出击，攻其不备。
没想到他晚来一步，司马尚之已经抢先一步到了建康，又闻刘牢之已经回兵，到了新洲，不敢再轻敌冒进，只好浮海北走郁洲。
宁朔将军高雅之，在郁洲迎击孙恩，那两下子根本不够看，被孙恩生擒活捉。
这时刘裕又接到命令，去郁洲征讨孙恩，刘裕马不停蹄，再次追赶孙恩而去。
咱得说，孙恩也挺闹心的，当他再次看见刘裕的时候，不知道脸色如何，估计死的心都有了！
刘裕尽帅郁州大军，这时人马够用了，别看这些兵众高雅之手里没鸟用，但是到了刘裕手中就神了，几次交战，孙恩被刘裕打得大败，孙恩灰头土脸，大军凌乱，势力从此衰弱下来。
他一想这就算完，拉倒吧，还是回海岛去吧，再一次沿海向南败逃，刘裕哪能让他轻易走脱，紧追不放，不断地咬住他的屁股死缠乱打。
十一月，刘裕追击孙恩至沪渎、过海盐，又是连续破敌，俘斩数以万计，孙恩至此，手下十余万，走死逃亡，溃散殆尽，仅余数千人。
孙恩被刘裕所迫，看看自己这几千人马，禁不住喟然长叹，遇到刘裕是自己命不好，又害怕被刘裕活捉，为朝廷俘获，最后心灰意冷，投海自尽。
数百名妓妾和信众沿海哭泣，最后皆随他投海而死，老百姓要是迷上啥，真是没办法整，孙恩即使死了，他的信众还说他没死，称他化身“水仙”了。
孙恩死后，其姐夫卢循率领余众坚持和东晋战斗，直到411年才终于被剿灭，这自然是后话。
此时还有一股势力，马上又要掀起一波更大的滔天巨浪，那就是已经是荆州刺史的桓玄，他无时无刻不在磨砺兵器，严密注视着朝廷内部的微小变化。
当他听说孙恩逼近京师，便赶紧训练部队，集结队伍，向朝廷呈上疏奏，请求带兵去征讨孙恩，其实他的意思很明显了，打孙恩是假，入主建康才是真，他可不是他父亲桓温，没那么多顾虑。
司马元显一听，差点没吓死，正不知如何是好时，传来消息，孙恩的军队被刘裕追没了，孙恩也投海自尽了。
于是，司马元显长出了一口气，以诏书制止桓玄起兵，由头没了，桓玄无奈，只好命令部队解除戒备。