结束了超进化发布会，天宇在联盟的地位再一次获得提升，天辰也因此受到自然的追捧，跟着一块升了职。当父亲的连续多次受到儿子照顾，搞得天辰哭笑不得。
之后天宇又在家待了几天，空闲时间多陪陪家人。最主要的是，这一次小桩也得到消息，跟着御龙渡一起来到真新镇。趁着这段时间，在天宇家人面前疯狂刷好感度，使得天宇家庭地位严重下滑。
天宇留下来还有一个原因，就是他手中的两枚神奇宝贝蛋快要孵化了，天宇想着等蛋孵化以后再出发去旅行。
没过几天之后，天宇手中的两枚蛋和小智手中的蛋都顺利孵化了。
精灵：多龙梅西亚
属性：幽灵、龙
招式：电光一闪、惊吓、咬住、死缠烂打
等级：1
特性：穿透
资质：冠军
精灵：心鳞宝
属性：龙
招式：瞪眼、猛撞、岩崩（遗传）、岩石封锁（遗传）
等级：1
特性：防弹
资质：冠军
精灵：宝贝龙
属性：龙
招式：瞪眼、猛撞、守住、龙之波动（遗传）
等级：1
特性：强行
资质：冠军
随着三小只顺利孵化，天宇和小智也相约一起前往丰缘地区旅行。这一趟旅行天宇带了喷火龙、波士可多拉、请假王、蜥蜴王、耿鬼、闪光巨金怪、爆肌蚊和刚孵化出来的两小只。
小智本来只打算带皮卡丘和刚刚孵化的宝贝龙出门旅行，等到了新的地方再培养新的神奇宝贝，但这一想法很快就被天宇否决了。
“小智，你收服的神奇宝贝很多都没有被培养到极限，他们都还有很高的进步空间，你这样对他们太不负责了。
挑战道馆的时候你可以先用新收服的神奇宝贝重点培养，但你也不能忘记之前收服的老搭档，那样你和其他训练家的差距只会越来越大。”
经过天宇的劝导，小智也想清楚了其中的问题，也将喷火龙、大针蜂、拉帝亚斯、由基拉和小小象带着一起去旅行。（成为研究员，小智也可以带七只神奇宝贝出发去旅行。）
小茂则表示在研究课题结束之后，也会去丰缘地区进行旅行，在丰缘大会上一定会战胜天宇和小智。
三人再次约定好以后，天宇和小智先一步踏上旅行。这一次两人先来到尼比市找到了小刚，三人一起上船去往丰缘地区。
在夜里船上休息的时候，三人再一次遇到了火箭队三人组，他们的目标毫无疑问是皮卡丘。
原着当中小智只带了皮卡丘，因此被火箭队抢走皮卡丘后就手足无措了。这一次不光有天宇和小刚跟着，他身上也带了其他神奇宝贝，轻而易举就打飞了火箭队三人组。
等到了第二天一早，三人来到了港口下船，准备去往此行的第一个目的地，未白镇。
刚一下船，天宇三人就看到了开着越野车来的小田卷博士。
“天宇博士，你总算来了，我已经等你好久了！”
小田卷博士下车后便握住天宇的手，表情激动不已。
“你好，小田卷博士。介绍一下，这两位是和我一起旅行的伙伴，小智、小刚，还有皮卡丘。”
两人和皮卡丘听后也是上前和小田卷博士打了个招呼，小田卷博士一一回应，欢迎三人来到未白镇。
打过招呼声，一行人走上小田卷博士的越野车，在森林里体验了漂移的感觉。
与此同时，一位身穿红衣、带着红色头巾的少女，正骑着自行车去往未白镇寻找小田卷博士。此人正是天宇的第一位女友，未来被称为丰缘舞姬的小遥。
此时她正在前往小田卷博士的研究所，获取她的初始神奇宝贝，虽说她早已有了属于自己的神奇宝贝。
“等领取完图鉴和初始神奇宝贝就可以和天宇一起去旅行了，不知道他什么时候来找我，好期待啊。”
不同于原着，现在的小遥因为有天宇这个双冠军的男友，因此也想一起努力变得更强。而且那一次玛瑙水母危机并没有给小遥造成伤害，反倒成为她爱上天宇的契机，自然也很向往神奇宝贝对战。
在前往研究所的路上，草丛突然冒出来一只夜巡灵，吓的小遥加速前进。
另一边，天宇三人跟随小田卷博士来到研究所，此时研究所内部一团乱，如同遭到袭击一般。
小田卷博士刚刚回到研究所，他的助手便急匆匆的走上前汇报。
“博士您总算回来了，您之前给新人训练家准备的神奇宝贝都不见了。”
得知这一消息，小田卷博士瞬间坐不住了，那三只神奇宝贝可是她为了老友的女儿精心挑选的最佳神奇宝贝，每一只都是资质最好的存在。
小田卷博士正要问他们神奇宝贝跑去哪里了，小刚却注意到旁边有三个装了神奇宝贝食物的碗，上前闻了闻这些神奇宝贝食物，发现它们都变质了。
后来经过天宇等人的敲打，助手才承认。他不小心将过期的神奇宝贝食物拿给他们吃，这才导致三只神奇宝贝生气，大闹一番研究所后跑到了后院。
博士听后脸都绿了，助手害怕的低下了头，他知道这一次他捅大篓子了。天宇在一旁劝小田卷博士消气，最主要的是要先将神奇宝贝们找回来。
小田卷博士点了点头，并委托天宇，希望他能帮忙一起寻找丢失的神奇宝贝。天宇自然是答应了，小智和小刚也跟着一起去后院寻找。
等天宇三人和小田卷博士离开后没多久，小遥也赶到了研究所，敲门后不见小田卷博士，在研究所里的只有他的助手。
“你是小遥？”
“嗯，小田卷博士呢？”
助手听后冒出一身冷汗，因为自己的失误害的博士给她准备的神奇宝贝逃掉了，这才让博士跑到后院去寻找。
得知情况后，小遥点了点头。助手让她在研究所等候，但小遥却摇了摇头，主动提出一起去后院寻找，毕竟她可不喜欢等待。
另一边天宇一行人在后院分头寻找，在一个水池旁找到了一只水跃鱼。
精灵：水跃鱼
属性：水
招式：水枪、猛撞。。。
等级：8
特性：激流
资质：准冠军
准冠军资质的水跃鱼，小田卷博士说过后院没有其他的御三家，这只应该就是博士丢失的那只。不得不说小田卷博士对小遥是真的好，选的御三家都是最顶尖资质的。
天宇正准备靠近水跃鱼，水池里突然冒出来一只50级暴鲤龙，吓得水跃鱼动弹不得。
危急时刻，天宇派出请假王，使用雷电拳命中暴鲤龙，受到攻击后暴鲤龙又躲回水池中。
“你没事吧，水跃鱼。”
天宇走上前安抚水跃鱼，并用常磐之力治愈为其疗伤。被常磐之力治愈过后，水跃鱼恢复了精神，对着天宇露出笑容。
“格拉。”
见状天宇松了口气，抱住水跃鱼去寻找其他御三家，但在不远处听到小田卷博士的求救声。