泰昌七年九月，泉州督饷馆和澎湖督饷馆相继成立了，常洛宣布，首先在福建解除海禁，允许商人出海贸易，允许渔民自由出海捕鱼。
这一消息迅速地传遍山东、南直、浙江、福建、广东。
福建渔民纷纷奔走相告，祖祖辈辈受海禁所困，如今终于可以光明正大地重操旧业。
商人们更是跃跃欲试，纷纷前往月港督饷馆、泉州督饷馆、澎湖督饷馆询问，怎样才能获得船由、商引、船引。
郑芝龙脚踏官商两道，跑到月港督饷馆，开口就要五百份船由。
督饷馆主事何鸿鸣慑于郑芝龙势大，说道：
“如果是十份八份船由，下官二话不说就办了，但郑爷要登记的数量太多，下官得向户部请示。”
郑芝龙扬长而去。
何鸿鸣赶忙向户部发去公文，毕自严看后皱起了眉头，只批给郑芝龙五十份船由。
郑芝龙大为恼怒，跑到福州巡抚衙门，请南居益帮忙疏通。
南居益笑道：“一官，户部的限额摆在那里，本抚实在爱莫能助。”
盘踞吕宋后，郑芝龙船队急剧膨胀，南洋大小海盗会聚麾下，狼多肉少，五十份船由塞牙缝都不够。
\"南大人，我为朝廷出生入死，朝廷这么办事实在令我寒心。”
南居益很怕郑芝龙在福建搞事，叹了口气说道:“我知道你很委屈，但毕堂部素来刚强，我人微言轻实在帮不上忙，你不是和洪参知私交甚笃吗？不如求他从中周旋。”
郑芝龙很是不悦，恼着脸不说话。
南居益沉思片刻说道:\"一官，我以福建地方名义，向户部发封公文，请户部斟情多批些船由给你。\"
郑芝龙怏怏不乐走了，转头就给洪承畴写了一封信。
洪承畴找到毕自肃，说道:\"郑芝龙给下官写信，说他手下有五六百只船，五十份船由根本不够用，希望户部能多批一些。\"
毕自严是个六亲不认的主，凡事公事公办，别说洪承畴一个参知政事，就是孙承宗、袁可立来了，也照怼不误。
他不假思索答道:\"章程是由中书省和六部共同拟定经陛下御览核准的，下官也不敢逾越。东南五省都眼巴巴盯着这五千份船由，总不很为了郑芝龙一个人惹得五省不高兴。\"
洪承畴碰了一鼻子灰，给郑芝龙写信，说毕自严油盐不进，毫不通融，给郑芝龙出主意，让他绕过户部，直接向皇帝上书。
郑芝龙不是没有这样想过，但倘若因此而惹恼了户部，将来有的是小鞋穿，可是五十份船由实在太少，思来想去还是决定冒险一试。
他在奏章里夸耀自己的功绩，从澎湖海战到吕宋海战，如何舍生忘死为大明开疆拓土，又诉说自己船只众多，仅仅五十份船由难以维持生计，恳请皇上恩赐船由份额。
郑芝龙不可不拢络，但户部也有户部的难处。
常洛几经权衡，命户部以大局为重，再批给郑芝龙一百五十份船由。
毕自严接旨后很是不满，但君命难违，只得照办。
几经周折，郑芝龙终于拿到了二百份船由。
他在厦门买了五百亩地，仿效荷兰东印度公司，成立了郑氏远洋贸易公司。
由武装商船武装护航，二百艘船载满生丝、瓷器、棉布，从月港出发途经吕宋、爪哇、马六甲，前往缅甸、暹罗、印度、锡兰、阿拉伯、波斯、非洲贸易。
返程的时带回了数不清的香料、象牙、宝石、楠木，一卸货就被抢购一空。
头炷香就赚得盆满钵满，郑芝龙在一帮小兄弟的肉麻吹捧下，行事越发张狂起来。
他不断扩充自己的船队，二百艘船架上了上千门红夷大炮，火铳更是不计其数。
郑芝龙还把手伸向了其他海商，强行租赁他们的船由，有胆敢不从者，则在外海拦截，强征报水。
郑芝龙有的是人，有的是钱，有的是船，有的是枪炮。
虽然征南将军的将印已经上缴了，但厦门水师参将的头衔还在。
那些手无寸铁无权无势的小海商谁敢忤他逆鳞？一时间郑芝龙在福建沿海一手遮天，大剌剌吃起了独食。
月港督饷司、泉州督饷司、澎湖督饷司对郑芝龙极为不满，纷纷向户部检举郑芝龙如何嚣张跋扈，招摇过市，如何偷逃水饷、陆饷，如何欺行霸市。
毕自严闻报甚是气愤，命督饷司收集郑芝龙多行不法的证据。
这一天，毕自严带着厚厚的卷宗入宫面圣，将郑芝龙的种种恶行一一禀报，说郑芝龙还酒后狂言，自称海上皇帝，直言朝廷水师不堪一击，但凡他咳嗽一下子，东南半壁江山都会发抖。
朝中反对解除海禁的声浪本就一直没有停歇，郑芝龙胡作非为正好给人口实，中书省、御史台交章弹劾郑芝龙拥兵自重，欲行不轨，要求朝廷重新审视开放海禁。
好不容易打开的局面因为郑芝龙而横生枝节，常洛龙颜大怒，绕着御案走了四五圈，一边走一边骂:
\"郑芝龙就是个不识抬举的小人，给他点颜料他就开染坊了！果然是惟女子与小人难养也！\"
当即唤来张献忠:\"黄虎儿，你派几个得力的人去一趟福建，好好查一查郑芝龙。\"
这一两年没办什么大案，张献忠闲得皮痒，如今能去南方办差顿时喜得心花怒放。
\"派别的人去儿子也不放心，要不儿子带着可旺亲自走一遭？\"
常洛板着脸嗯了一声。
照从前张献忠早就识相地退了出去，但这一次却躬着腰一动也不动。
常洛问道:\"有事？\"
张献忠满脸谄笑凑过去，\"干爹，儿子想给可旺求个官做做，当初答应过他的………\"
常洛白了他一眼，\"想要个啥官？\"
\"想求干爹赏他个锦衣卫千户，百户也行……\"
常洛抬脚踢了过去:\"瞧你这点子出息，千户有啥稀罕的，赏他个锦衣卫佥事。\"
吼吼吼，张献忠喜得屁滚尿流，连说:\"谢干爹，谢干爹……\"
常洛笑道:\"你给我将郑芝龙那厮提溜到京师来。\"
张献忠问道:\"那厮手下人马不少，不怕把他逼反了吗？\"
常洛嗤笑道:\"不怕，那就是个见小利而忘死临大事而惜身的货。