击退神秘势力后，联盟上下迅速投入到紧张的战后重建工作当中。
工程队伍忙碌地穿梭在联盟总部各处，运用先进的修复技术和材料，对那些受损严重的建筑进行修复。建筑机器人有条不紊地清理着废墟残骸，将一块块破碎的墙体、零件搬运到指定的回收区域，同时按照预设的蓝图，重新搭建起坚固的框架结构。科研人员们则在临时搭建的实验室里，争分夺秒地抢修和调试那些受损的科研设备，一些珍贵的数据虽然在袭击中部分丢失，但好在之前有做过备份，此刻大家正仔细核对，确保研究工作能够尽快恢复正轨。
医疗团队也全员出动，悉心照料着受伤的人员。他们运用各种先进的医疗手段，从细胞修复技术到能量治疗仪器，尽力让每一位伤员都能尽快康复。整个联盟总部虽然遭受重创，但此刻却充满着一种坚韧不拔、积极恢复的氛围。
与此同时，联盟高层召开紧急会议，商讨如何强化防御力量，以应对未来可能出现的类似危机。
林风在会议上提出了自己的想法：“这次神秘势力能突袭成功，很大程度是因为我们的通讯和预警系统存在漏洞，我们需要对其进行全面升级，采用多套冗余备份系统，并且利用神源之球的能量特性，设置加密防护，让敌人难以轻易干扰破坏。”
众人纷纷点头表示赞同，科研团队当即接下了这个任务，开始着手研究如何将神源之球的能量与通讯、预警系统完美融合，打造出更加稳固且智能的防护机制。
“还有，我们的战舰防御和攻击能力也得进一步提升。”护卫舰队指挥官接着说道，“可以参考这次战斗中敌人战舰的特点以及我们自身暴露的问题，加厚战舰护盾，优化能量武器的能量输出效率，并且增加一些具备特殊功能的防御和攻击模块。”
联盟高层经过商议后，批准了这个提议，划拨了大量的资源给科研团队和军工部门，支持他们对战舰进行升级改造。军工部门迅速行动起来，召集了众多顶尖的工程师和技术专家，依据制定好的方案，对每一艘战舰进行细致的改装。
在战舰的护盾方面，他们采用了一种全新的能量复合结构，这种结构能够在遭受攻击时，自动调整能量分布，将受到的冲击力均匀分散，极大地增强了护盾的抗打击能力。对于能量武器，科研人员通过优化内部的能量传导线路和能量激发装置，使武器的能量输出效率提升了近一倍，攻击威力更加强大。同时，还在战舰上安装了一些新研发的特殊模块，比如能够短暂扭曲周边空间，让敌方攻击落空的空间闪避装置，以及可以发射出干扰敌方战舰能量系统的能量脉冲装置。
经过一段时间的努力，联盟总部的建筑逐渐修复完毕，焕然一新，科研设备也都重新投入使用，各项研究工作继续稳步推进。而战舰的升级改造工作也接近尾声，一支支经过强化的护卫舰队整齐地排列在联盟总部周边的宇宙空间中，散发着强大的气息，仿佛在向整个宇宙宣告着联盟的坚韧与不可侵犯。
然而，就在联盟忙于自我强化之时，宇宙深处，那些神秘势力在失败后并未善罢甘休，他们暗中联合了更多的邪恶势力，正在谋划一场更大规模、更加缜密的攻击计划，一场新的风暴正在悄然酝酿，而联盟对此还一无所知，依旧沉浸在重建防御成功的喜悦之中，只是不知当新的危机真正降临之时，他们又能否再次成功应对，一切都还是未知数，紧张的氛围如同隐藏在暗处的阴霾，又开始慢慢地在这看似平静的局势下蔓延开来。