南明，虽说主人也是朱家，但从正统历史来讲，其并未被纳入明朝。
南明存在的时间一般有十八年和三十九年两种说法。
- 一般认为南明从1644年福王朱由崧在南京称帝建立弘光政权开始，到1662年永历帝及其子在昆明被杀为止，历时18年。
- 部分观点将南明的结束时间算到1683年施琅进军台湾，郑克塽投降，宁靖王朱术桂自杀殉国，若按此计算，南明存在了39年。
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南明政权未被算入明朝原因主要是:
从历史研究和叙事的角度，明朝十六帝时期有完整、系统的历史记录和研究体系，《明实录》等官方史料以及大量的私家着述，都为研究明朝十六帝时期的历史提供了丰富的资料，形成了相对独立和完整的历史叙事。
而南明并未有真正意义上的详细记载，后朝清朝作为继明朝之后的大一统王朝，为确立自身统治的合法性，自然不会承认南明的正统地位，而是将其视为割据政权或前朝残余势力。
在清朝官方修撰的《明史》等史籍中，更是未将南明诸帝列入明朝正统皇帝序列，而是写成伪朝。
从历史发展的角度看，南明是明清交替之际的一个过渡阶段，它见证了明朝的彻底衰落和清朝统一全国的历史进程，在一定程度上影响了中国历史的走向，为研究明清易代时期的政治、军事、文化等方面提供了重要的历史资料。
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南明政权主要是弘光政权，隆武政权，绍武政权，永历政权。
至于后面的台湾岛上明朝政权则属于是明郑政权。
1661年，南明延平王郑成功率军东征，驱逐荷兰殖民者，收复台湾。他将台湾改称东都，赤崁地方更名“东都明京”，设承天府，仿明朝中央官制设六官，府下置天兴、万年二县。
郑成功在东南沿海坚持抗清，势力不断发展壮大，成为南明政权对抗清朝的重要力量。他先后取得了诸多军事胜利，如大败清闽浙总督陈锦、漳州提督杨名高，收复了金门、厦门等岛屿，以此为根据地，持续开展抗清活动，其军事成就和影响力为他获得封王奠定了基础，永历帝根据大臣冷孟銋的提议，决定以延平一府封郑成功，着礼部铸延平王印并册一道，郑成功由此正式被封为延平王。
郑成功去世后，其子郑经继位，改东都为“东宁”。
1662年永历帝被吴三桂绞杀后，明郑政权虽仍使用永历年号一段时间，但此时已无实际的南明皇帝在位。
此后明郑政权在台湾实际上处于半独立状态，以延平王府为核心进行统治，郑经等统治者未再拥立其他明朝宗室为帝，也没有自己称帝，而是继续以延平王的名义管理台湾事务。
没有皇帝，可以说后面都可以不算是南明了，只能算是由郑氏统治的地盘，最终在1683年，清军在施琅的率领下进攻台湾，郑克塽投降，明郑政权覆灭，台湾进入清治时代。