民国三十七年夏天，在鄱阳湖畔有个地方叫“青石滩”。这一年夏天，这儿可出了大事，一场诡异的鱼灾突然就冒出来了。
有个渔民叫金木，他爹在月圆夜一个人去撒网捕鱼。谁能想到，第二天就在芦苇荡里发现他爹的尸体，那叫一个惨呐！浑身密密麻麻全是齿痕，肚子里还塞满了腐烂的食人鱼骨头，右手紧紧攥着半片血光闪闪的红鳞。更邪门儿的是，岸边泥地上有一串小孩儿的脚印，一路朝着深水区就去了。
到了守灵夜，金木给父亲擦遗体的时候，碰到了那片红鳞。这一碰到可不得了，他双眼突然剧痛。恍惚间，他看见父亲的魂魄被无数透明的鱼影拖着，湖底淤泥里伸出一只白骨嶙峋的手，手里还攥着一枚刻着“昭和十二年”的铜鱼钩。第二天，金木在父亲的遗物里找到一张泛黄的地图，上面标着湖心漩涡下面有一艘铁笼沉船。
金木找老船工打听，才慢慢拼凑出当年的真相。原来在1937年，日本鬼子在这儿建了个秘密实验场。他们把三百个孩子关在水下铁笼里，还扔进去变异的食人鱼，就为了看食人鱼咬人的反应。带头的军官佐藤次郎特别喜欢钓鱼，每次都用铜鱼钩刺穿孩子的脚踝当鱼饵。后来实验失败了，日本鬼子就用水泥把船封了。可那些食人鱼变成了赤鳞水鬼，夜夜撞笼子。
金木决定去湖底探探那艘沉船。他潜入湖底，发现铁笼内壁全是抓痕，缝隙里还渗出黏糊糊的血水。当天晚上，他就浑身发烫，耳边一直响着小孩哭：“哥哥脚痛”。他一惊醒，就看见小腿上长出了鱼鳞状的疱疹，床下还积着一滩腥臭的黑水，水里飘着一个带牙印的樱花发卡。
月食那天夜里，湖面突然出现了十三道漩涡。金木驾着船靠近，竟看见佐藤次郎的腐尸拿着铜鱼钩在钓鱼。他每提一竿，就有食人鱼叼着人骨跳出水面。接着，铁笼里爬出三百具孩童骸骨，眼窝里还有血红的鱼苗在游动。金木想斩断鱼线，这时候，鱼群突然聚成了一张巨型人脸，正是当年惨死的孩子们。
怨灵发动了噬魂鱼潮，金木被拖进了沉船密室。密室里挂着佐藤的解剖日记，上面写着他把孩子的肝脏喂给鱼群的暴行。鱼群变成血雾钻进金木的七窍，他在濒死的幻境里看到，当年父亲为了救自己，偷走了佐藤的铜鱼钩，还引发了一场暴动。
危急时刻，金木把红鳞刺进自己心脏，以血脉为引，让鱼群反过来吞噬佐藤怨灵。
黎明时分，湖面浮起一层金色的鱼卵。金木昏迷着被推上了岸，手里还紧紧握着那枚锈蚀的铜鱼钩。三年后，有人看见他在湖心划船，船尾跟着一群赤鳞食人鱼。那些鱼群一会儿聚成孩童的笑脸，一会儿又变成老者的轮廓。每逢月夜，湖底还会传来清朗的尺八声，那调子正是当年惨死孩子们哼唱的谣曲。