在朗姆的囚禁下，柯南和灰原哀的处境愈发艰难。柯南虽然一直在寻找逃脱的机会，但黑衣组织的防守实在严密，每次尝试都以失败告终。
就在他们几乎绝望的时候，FbI和日本警方终于察觉到了黑衣组织秘密基地的所在，展开了突袭行动。基地内顿时枪声大作，一片混乱。
朗姆收到消息后，决定提前处置柯南和灰原哀，以免夜长梦多。他带着几个手下，来到了关押柯南和灰原哀的牢房。
“工藤新一，灰原哀，你们的末日到了。”朗姆举着枪，冷冷地看着他们。
柯南把灰原哀护在身后，怒视着朗姆：“朗姆，你别想伤害我们！”
然而，朗姆根本不理会柯南的话，他对着手下一挥手：“动手。”
就在这千钧一发之际，外面的枪声越来越近，原来是FbI和警方已经快要攻进来了。朗姆的手下有些慌乱，朗姆也意识到情况不妙，他不想在这里和警方以及FbI正面交锋，于是改变了主意。
“把他们分开带走，不能让他们落到警方手里。”朗姆下令道。
柯南和灰原哀拼命反抗，但还是被黑衣组织的人强行分开。柯南被几个黑衣人押着往一个方向走去，灰原哀则被带往另一个方向。
“柯南！”灰原哀大声呼喊着柯南的名字。
“灰原！”柯南也奋力挣扎着，但他的双手被紧紧束缚住，根本无法挣脱。
看着灰原哀被带走的身影，柯南心中充满了无奈和愤怒。他知道，一旦和灰原哀分开，他们面临的危险会更大，而且彼此之间也无法照应。
在被押解的过程中，柯南一直在寻找机会逃脱，他留意着周围的环境和黑衣人的行动，试图找到破绽。而灰原哀那边，她也在思考着如何摆脱黑衣组织的控制，与柯南会合。
FbI和警方在基地内与黑衣组织展开了激烈的战斗，双方互有伤亡。但由于黑衣组织准备充分，他们还是有一部分人成功突围，带着柯南和灰原哀逃离了基地。
柯南和灰原哀被带到了不同的地方，他们与外界的联系完全被切断，不知道对方的生死和下落。在这被迫分离的时刻，他们都在心中默默发誓，一定要想办法活下去，找到对方，继续与黑衣组织对抗。
而毛利小五郎、毛利兰以及阿笠博士等人还在焦急地等待着消息，他们不知道柯南和灰原哀是否已经脱险，只能祈祷着他们能够平安归来。柯南和灰原哀在被迫分离后，各自将面临怎样的危险和挑战？他们又能否再次相遇，共同揭开黑衣组织的秘密，实现他们的爱与救赎呢？
江户川柯南途中被赤井秀一所救灰原哀被带回黑衣组织基地进行地狱般的折磨。黑衣组织要彻底把她变成黑衣组织的专属杀手在灰原哀眼里充满未知，柯南米花町综合医院醒来他询问灰原哀的下落目暮警官表示线索彻底断了柯南发誓要救回灰原哀。