柯南、灰原哀和毛利小五郎等人受邀来到一座偏远的神秘岛屿，这座岛屿以其古老而诡异的传说闻名。据说，岛上曾经有一位邪恶的巫师，他创造了一种名为“第十三双眼睛诅咒”的邪术，一旦被诅咒盯上，就会陷入无尽的恐惧和幻觉中，最终悲惨死去。
刚登上岛屿，柯南他们就感觉到了一股阴森的气息。岛上的居民们看起来都很神秘，对他们的到来也显得十分警惕。他们来到了岛上的一座古老庄园，这里是邀请他们前来的一位富商的住所。富商告诉他们，最近他的家人和仆人中不断有人出现奇怪的症状，像是被什么东西附身了一样，精神错乱，嘴里还念叨着一些听不懂的话，他怀疑是遭到了“第十三双眼睛诅咒”。
柯南和灰原哀立刻展开调查。他们在庄园的地下室发现了一些奇怪的符号和图案，灰原哀通过研究这些符号，发现它们与一种古老的神秘学有关，可能是启动诅咒的关键。柯南则在庄园里四处询问，得知在庄园的深处有一座废弃的神庙，传说中那就是巫师施展邪术的地方。
就在他们准备前往神庙调查时，庄园里突然传来了一声惨叫。他们赶到现场，发现一名仆人倒在地上，眼神惊恐，已经失去了意识。在他的身边，有一幅奇怪的画，画上画着十三双眼睛，仿佛在盯着他们。
柯南和灰原哀带着这幅画继续深入调查。他们来到了废弃的神庙，神庙里弥漫着一股刺鼻的气味，四周的墙壁上刻满了各种诡异的眼睛图案。在神庙的中央，有一个石台，石台上放着一本古老的书籍。灰原哀小心翼翼地打开书籍，发现里面记载了“第十三双眼睛诅咒”的详细内容。原来，这个诅咒是通过一种特殊的药物和心理暗示来实现的，让人产生幻觉，以为自己被诅咒了。
就在这时，他们突然听到了一阵奇怪的声音，仿佛是从地下传来的。柯南和灰原哀顺着声音的方向找去，发现了一个隐藏的通道。通道里阴暗潮湿，弥漫着一股腐臭的味道。他们在通道的尽头发现了一个密室，密室里有一个人正在调配着某种药物。
这个人正是庄园的管家，他因为对富商心怀不满，所以利用岛上的传说和自己对神秘学的了解，制造了“第十三双眼睛诅咒”的假象，想要吓唬富商和他的家人，让他们离开庄园。
柯南和灰原哀与管家展开了搏斗，最终成功地制服了他。他们找到了破解诅咒的方法，给那些被“诅咒”的人喝下了解药，让他们恢复了正常。
案件解决后，柯南和灰原哀看着平静下来的庄园，心中感慨万千。他们知道，在这个世界上，还有很多未知的神秘和邪恶，但只要他们携手共进，用科学和智慧去面对，就一定能揭开真相，守护爱与正义，让更多的人从恐惧和苦难中得到救赎。而这座神秘的岛屿，也因为他们的到来，结束了这场可怕的“诅咒”风波。