飞鸟信彦被捕后，米花町暂时恢复了表面的平静。然而，柯南和灰原哀清楚，黑衣组织不会善罢甘休，更大的危机或许还在后面。
在一次对飞鸟信彦案件后续线索的调查中，灰原哀发现了一些令她震惊的信息。这些信息似乎暗示着柯南身边亲近的人竟与黑衣组织有着千丝万缕的联系。她陷入了极度的矛盾与痛苦之中，不知该如何面对这个残酷的事实。
随着调查的深入，灰原哀心中的绝望愈发浓烈。她开始怀疑，柯南一直以来坚持的正义之路是否从一开始就是错的，他们所做的一切努力，会不会只是在一个更大的阴谋中打转。在这种绝望情绪的笼罩下，灰原哀的精神濒临崩溃。
与此同时，黑衣组织察觉到了灰原哀的动摇。他们派出一名曾经与灰原哀相识的成员，秘密与她接触。此人巧言令色，不断在灰原哀耳边灌输着扭曲的观念，声称柯南等人根本无法真正摧毁黑衣组织，反而会因为他们的行动，让更多无辜的人陷入危险。只有灰原哀重新回到组织，按照组织的计划行事，才能保护那些她在乎的人。
在绝望和蛊惑的双重作用下，灰原哀做出了一个让所有人都意想不到的决定——背叛柯南。她故意向黑衣组织泄露了柯南和警方正在筹备的一项针对黑衣组织的重要行动情报。
当柯南得知行动情报泄露，导致计划失败，多名警员受伤时，他简直不敢相信这一切是灰原哀所为。他四处寻找灰原哀，想要一个解释。
终于，柯南在他们曾经躲避黑衣组织追杀的那座废弃工厂找到了灰原哀。此时的灰原哀眼神空洞，一脸憔悴。
“为什么，灰原？为什么你要这么做？”柯南眼中满是痛苦与不解，声音微微颤抖。
灰原哀不敢直视柯南的眼睛，她低下头，声音沙哑地说道：“柯南，我们从一开始就错了。你身边的人不可信，我们根本无法打败黑衣组织。这样下去，只会有更多人受伤，更多人失去生命。”
“不，我们不能放弃！我们一直以来的努力，那些并肩作战的日子，难道你都忘了吗？”柯南激动地说道。
灰原哀抬起头，眼中闪烁着泪光：“我没忘，但现实就是如此残酷。我不想再看到有人因为我们的坚持而付出代价。”
“可你这样做，只会让更多人陷入危险！你背叛了我们的信任，背叛了我们共同的理想！”柯南痛心疾首地说道。
灰原哀无言以对，她转身缓缓离去，留下柯南独自站在废弃工厂中，心中充满了绝望与迷茫。曾经亲密无间的伙伴，如今却走向了截然不同的道路，这场突如其来的背叛，让柯南和灰原哀的爱与救赎之旅陷入了前所未有的困境，而他们又该如何面对这破碎的一切，重新找回彼此的信任？黑衣组织乌丸莲耶利用姐姐威胁她重回组织。