柯南和灰原哀在解决了一系列棘手案件后，城市似乎迎来了短暂的宁静。然而，这份宁静很快就被一声尖叫打破。
在城市中一所着名的音乐学院里，传出了令人毛骨悚然的事件。学院的钢琴演奏厅内，一位年轻的钢琴学生林悦，在练习弹奏一首神秘乐谱时突然倒地身亡。她的表情惊恐万分，仿佛看到了极其可怕的东西。
柯南和灰原哀受学院邀请前来调查。当他们赶到演奏厅时，现场已被警方封锁。林悦的尸体仍躺在钢琴旁，周围的乐谱散落一地，而其中有一份乐谱显得格外陈旧，纸张泛黄，上面的音符似乎带着一种诡异的气息。
柯南蹲下身子，仔细检查林悦的尸体，“没有明显外伤，嘴唇发紫，很可能是中毒身亡。但在这么短时间内毒发，毒药应该是通过某种特殊方式快速进入体内的。”
灰原哀则拿起那份神秘乐谱，“这份乐谱有些奇怪，纸张材质和其他乐谱不同，而且上面似乎有一些若有若无的特殊气味。”她小心地将乐谱装进证物袋，准备带回去进行检测。
警方通过调查得知，林悦是学院里备受瞩目的钢琴天才，近期正准备一场重要的演出。而这份神秘乐谱，是她几天前在学院的旧仓库中偶然发现的。
柯南和灰原哀来到旧仓库，这里堆满了各种陈旧的乐器和乐谱。在仓库的角落，他们发现了一些奇怪的脚印，脚印的形状很独特，不像是普通鞋子留下的。
“看来有人经常在这里活动，而且不想被人发现。”柯南推测道。
回到实验室，灰原哀对乐谱进行了详细检测。她发现乐谱上涂有一种特殊的毒药，只要皮肤接触到乐谱，毒药就会迅速通过毛孔进入人体，导致心脏骤停。
“凶手心思缜密，利用了林悦对这份神秘乐谱的好奇，将毒药涂在上面，让她在弹奏时中毒身亡。”灰原哀说道。
柯南和警方开始排查学院内与林悦有过节的人。他们发现，另一位钢琴学生李阳，一直嫉妒林悦在学院中的地位和天赋。李阳经常在背后诋毁林悦，而且案发当天，有人看到他在旧仓库附近出现。
柯南和灰原哀找到李阳，对他进行询问。李阳一开始极力否认与案件有关，但当柯南拿出在旧仓库发现的脚印证据，以及证明他曾频繁出入旧仓库的监控录像时，李阳的心理防线开始崩溃。
最终，李阳承认了自己的罪行。他因嫉妒心作祟，在旧仓库找到这份传说中的“夺命乐谱”，并在上面涂上毒药，企图陷害林悦，让自己成为学院的焦点。
随着真相大白，音乐学院的阴霾逐渐散去。柯南和灰原哀又一次凭借他们的智慧和勇气，揭开了案件背后的真相，让正义得以伸张。然而，他们知道，这座城市里，或许还有更多隐藏在黑暗中的秘密等待他们去挖掘。
新的起点作为一名刑警有责任寻找死亡真相还死者一个公道。