柯南、灰原哀和少年侦探团的小伙伴们所在的学校进行了一次重要的考试。考试结束后，老师在批改试卷时发现了一个奇怪的现象，有好几份试卷竟然是白卷，一个字都没写，而这些白卷的主人分别来自不同的班级。
老师觉得很奇怪，便把这件事告诉了校长。校长决定让学校的教导主任调查此事，看看是不是有学生故意捣乱。柯南和灰原哀听说了这件事，也觉得很蹊跷，便决定和少年侦探团一起暗中调查。
他们首先找到了其中一个交白卷的学生小林。小林看起来很紧张，当柯南他们问起为什么交白卷时，他支支吾吾地说自己是因为忘记写了。但是柯南和灰原哀觉得他的回答很可疑，不像是真话。
接着，他们又找到了其他几个交白卷的学生，发现他们都有一个共同点，就是在考试前几天都收到了一封神秘的信，信上让他们在考试时交白卷，否则就会有不好的事情发生在他们身上。
柯南和灰原哀推测，这背后一定有一个人在策划这件事，目的可能是为了破坏这次考试，或者是有其他不可告人的秘密。他们开始调查这些学生的背景，看看有没有什么关联。
在调查过程中，他们发现这些学生都参加了学校的一个社团——科技社团。柯南和灰原哀觉得这个社团可能有问题，于是他们决定晚上偷偷潜入社团活动室看看。
晚上，柯南、灰原哀和少年侦探团的小伙伴们来到了科技社团活动室。他们在活动室里发现了一些奇怪的设备，看起来像是用来干扰考试信号的。而且，他们还在一个角落里找到了一些信件的草稿，上面的字迹和那些神秘信件上的字迹一模一样。
就在他们准备进一步调查时，突然听到了一阵脚步声。原来是科技社团的指导老师王老师来了。王老师看到他们在这里，非常生气，问他们为什么半夜跑到活动室来。
柯南和灰原哀把他们调查到的事情告诉了王老师，王老师听后脸色变得很苍白。他犹豫了一下，最终还是说出了真相。
原来，王老师为了让自己的科研项目得到学校的更多资金支持，想要通过破坏这次考试来证明学校的考试制度有问题，从而让学校重视他的科研项目。于是，他就想出了让学生交白卷的办法，还制造了那些神秘信件来吓唬学生。
柯南和灰原哀听后，觉得王老师的做法太过分了。他们告诉王老师，这种行为是不对的，不仅伤害了学生，也破坏了学校的秩序。王老师听了他们的话，感到非常后悔，决定向校长坦白一切，承担自己的责任。
第二天，王老师向校长承认了自己的错误，学校也对他进行了相应的处罚。那些交白卷的学生也重新参加了考试，这件事情终于得到了圆满的解决。
柯南和灰原哀以及少年侦探团的小伙伴们也通过这次事件，明白了遇到问题要冷静思考，勇敢地去寻找真相，不能被表面现象所迷惑。