维度锚点崩塌后的第三个月，地球表面残留的量子辐射逐渐消散，城市的霓虹重新点亮夜空，街道上行人如织，一切看似恢复如常。然而，在阿笠博士实验室的地下深处，灰原哀的引力波监测仪却以一种诡异的频率震颤着。不同于以往尖锐刺耳的警报，这次的震动声低沉而绵长，如同古老齿轮在时空深处的咬合，在实验室的金属支架间激起阵阵共鸣，仿佛有一双无形的大手正在悄然拨动命运的琴弦。
全息投影中，银河系星图的边缘出现了无数蛛网状的紫色裂痕，那些缝隙中隐约可见扭曲的时钟齿轮与破碎的记忆残片。灰原哀的银灰色发丝随着仪器的震动微微飘动，她将放大镜对准全息图，镜片中倒映出裂痕深处的神秘符文，那些符文闪烁着幽紫色的光芒，仿佛是某种古老而邪恶的咒语。“这些裂痕不是自然产生的。”她的声音低沉而冰冷，带着一丝难以掩饰的忧虑，“是黑衣组织在更高维度留下的后手，它们正在缓慢吞噬现实与虚数空间的边界。一旦边界被突破，后果将不堪设想。”
话音未落，实验室的玻璃突然变成镜面，映出无数个平行世界的场景。有的世界里柯南永远保持着孩童模样，在米花小学的操场上孤独地望着天空；有的世界中灰原哀早已成为黑衣组织的核心，身着白大褂，眼神冷漠地进行着残酷的实验；还有的世界正在被紫色的量子风暴吞噬，城市在风暴中化为废墟，人们绝望地哭喊着。这些画面如同走马灯般不断切换，每一个场景都让人不寒而栗。
与此同时，世界各地接连出现时空异常现象。纽约时代广场的巨型屏幕毫无征兆地循环播放着二十年前的新闻，画面中的人物动作机械而重复，仿佛陷入了无尽的轮回；巴黎埃菲尔铁塔的钢铁结构开始逆向生长，塔身逐渐缩小，仿佛时间在倒流；而在米花市，少年侦探团的孩子们惊恐地发现，自己的影子开始脱离身体，在空中拼凑出陌生的量子符号，那些符号闪烁着诡异的光芒，仿佛在传递着某种神秘的信息。柯南的侦探徽章收到国际刑警组织的紧急情报：失踪的物理学家们虽然获救，但他们的大脑中都植入了无法破解的量子记忆锁，他们的眼神空洞，仿佛关键记忆已被人为改写，成为了没有灵魂的躯壳。
面对如此严峻的形势，柯南和灰原哀决定再次踏上征程。他们乘坐经过量子折叠技术改造的穿梭机，机身表面流转着神秘的蓝色光纹，仿佛是连接不同维度的纽带。穿梭机启动的瞬间，巨大的轰鸣声震耳欲聋，它如同一颗流星，朝着虚数空间与现实世界的交界地带疾驰而去。
穿梭机穿越维度裂缝时，舷窗外的景象彻底颠覆了他们的认知。无数个平行世界像书页般悬浮在空中，每个世界都在重复着不同的命运轨迹。有的世界阳光明媚，人们幸福地生活着；有的世界战火纷飞，硝烟弥漫；还有的世界被奇异的生物统治，充满了未知的危险。灰原哀的监测仪发出急促的警报声，显示他们正在接近一个被称为“命运悖论之环”的神秘区域，那里是所有平行世界的因果交汇点，散发着令人心悸的强大能量。
当穿梭机抵达目的地，一座由虚数能量构筑的环形回廊出现在眼前。回廊高耸入云，墙壁上流动着金色的时间线与紫色的量子数据流，每一道波纹都代表着一个可能的未来。那些时间线相互交织，形成复杂的网络，而量子数据流则如同奔腾的河流，在墙壁上肆意流淌。黑衣组织首领的身影从数据流中凝结，他的身体此刻已化作半透明的量子态，面部不断切换着不同平行世界中他的模样，时而冷酷，时而疯狂，让人不寒而栗。
“欢迎来到命运的十字路口，雪莉，名侦探。”首领的声音如同无数个回声叠加，在回廊中回荡，“这个悖论之环连接着所有平行世界的命运，而我，将成为改写剧本的作者。你们的反抗，不过是徒劳罢了！”他挥动手臂，回廊的墙壁突然裂开，无数个黑衣组织成员的克隆体从中涌出。这些克隆体不仅拥有实体，还携带着不同平行世界中他们的战斗记忆，他们眼神冰冷，手持武器，如同一群训练有素的杀人机器。
柯南甩出量子足球，试图突破敌人的防线，却发现球体在接近敌人的瞬间陷入时间循环，不断重复着飞行轨迹，仿佛被某种力量禁锢在了时间的牢笼中。灰原哀迅速启动升级版记忆锚定器，试图稳定周围紊乱的时空，然而，她却看到了更加可怕的景象——自己的意识在无数个平行世界中同时遭遇危机。在某个世界，她亲眼目睹姐姐宫野明美被复活却沦为组织的傀儡，眼中充满了痛苦与绝望；在另一个世界，柯南因暴露身份被黑衣组织追杀至死，倒在血泊中的画面让她心痛如绞。
危机时刻，少年侦探团的声音通过量子通讯传来。光彦戴着特制的眼镜，坐在电脑前，眼神专注而坚定，他凭借着过人的智慧破解了物理学家脑中的记忆锁，提取出黑衣组织的终极秘密：原来他们一直在寻找能够超越因果律的“命运修正权”，而悖论之环正是实现这一目标的关键。只要掌握了命运修正权，他们就能随心所欲地改写所有平行世界的命运，将世界变成他们想要的模样。元太和步美带领全球民众，手拉手，心连心，将自己的信念与希望转化为金色的量子能量，通过卫星网络注入虚数回廊。那些金色的能量如同温暖的阳光，照亮了黑暗的回廊，给人带来了希望。
在信念之力的冲击下，回廊的墙壁开始崩解，紫色的能量与金色的光芒激烈碰撞，发出耀眼的光芒。柯南和灰原哀趁机深入核心，发现了一个巨大的量子沙漏。沙子中封印着所有平行世界的命运轨迹，每一粒沙子都代表着一个世界的命运，它们在沙漏中不断流动，仿佛在诉说着世界的无常。灰原哀想起母亲留下的量子密钥，她的手微微颤抖，将密钥与沙漏连接。刹那间，金色的光芒瞬间照亮整个回廊，光芒中，黑衣组织首领的身影开始消散，他发出最后的怒吼：“你们以为能逃脱命运的轮回？在更高的维度，我们的博弈永无止境！”
随着沙漏的破碎，虚数回廊轰然倒塌，强大的冲击波向四周扩散。当柯南和灰原哀返回现实世界，天空中紫色的裂痕逐渐消失，阳光重新洒在大地上。然而，灰原哀知道，黑衣组织的威胁远未解除。在某个超越维度的空间，命运的齿轮仍在转动，等待着下一次与他们的碰撞。而这一次，他们将带着更坚定的信念，迎接未知的挑战，因为他们坚信，正义终将战胜邪恶，光明必将驱散黑暗。