南国，濠镜澳（澳门）。郑芝龙的庞大舰队如同蛰伏的巨兽，静静地停泊在港口之外，与总督府内焦躁不安的葡萄牙总督亚马留，进行着一场无声的、关乎耐心与意志的较量。郑芝龙按兵不动，放任亚马留的苛政在澳门城内激起越来越大的民怨，他如同最高明的猎手，等待着最佳的出击时机。
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然而，就在南海之滨暗流涌动之时，千里之外的江南腹心——南京，一场由崇祯皇帝亲自点燃的政治风暴，正以更加惨烈的方式，席卷着曾经不可一世的士林领袖——复社。
自马士英奉旨抵达南京，就任吏部尚书之后，这位被京师朝野视为“阉党”干将的人物，便毫不犹豫地亮出了他的屠刀。他深知皇帝对江南这些非议朝政、阻挠新政的“清流”士子早已忍无可忍，也明白自己此来的首要任务，便是彻底打垮复社这个江南士林的精神堡垒和政治中心。
皇帝下旨将张采等人所着、诽谤朝廷的《乙书》等定性为“邪书”，并将复社指为可能威胁国家安定的“邪教”式结社，这无疑给了马士英梦寐以求的尚方宝剑！他立刻以此为借口，调动南京守备兵马和厂卫的力量，对复社及其主要成员，展开了毫不留情的清洗！
首当其冲的，便是那位曾被马士英拿下、又为求自保而背叛同道的“江南才子”候方域。
马士英本就对其反复无常、缺乏骨气极为鄙视，更不可能真正信任他。在利用候方域提供的名单和证词，抓捕了一批复社骨干之后，马士英便立刻翻脸无情！他罗织罪名，指控候方域才是此次“刊印逆书、蛊惑士林”的真正“主谋”，将所有的脏水都泼到了他的身上！
可怜候方域，本以为出卖同僚可以换来苟全性命，甚至可以像冯铨那样“弃暗投明”，在马士英麾下谋个前程。却万万没想到，自己不过是马士英手中一枚用完即弃的棋子！还没等他喊冤辩解，便被马士英以“罪大恶极、国法难容”为由，直接下令斩首示众！用他的人头，来杀鸡儆猴，也为自己这场“平定南都叛逆”的行动，献上第一份“功劳”！这位曾经才情横溢、名满江南的浊世佳公子，最终却落得个身败名裂、不得善终的悲惨下场，其结局令人唏嘘，却也……咎由自取。
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候方域的死，如同在复社这潭本已波涛汹涌的死水中，又投入了一块巨石，激起了更大的恐慌和……分裂！
南京城内，一处隐秘的宅院之内，数十名复社的核心成员，再次秘密聚集。主持会议的，正是那本“逆书”的主要作者之一，张采。他的脸色阴沉得可怕，眼神中充满了愤怒和一丝难以掩饰的恐惧。
“诸位！” 张采的声音沙哑而低沉，“候公子……没了！马士英那阉贼走狗，竟……竟如此心狠手辣！下一个，恐怕就轮到我们了！最新消息，马士英已调集兵马，封锁了秦淮河两岸，明日……明日恐怕就要对我等采取进一步的动作！我们……必须立刻定下破局之法！否则，皆为鱼肉矣！”
然而，面对这生死存亡的关头，在座的复社士子们，却再也无法像往日那般，同仇敌忾，意气风发了。
一位姓钱的书生，面色惨白，声音颤抖：“张……张先生！事已至此……我等手无寸铁，如何与那手握兵权的马士英和厂卫对抗？依……依我看，不如……不如暂时隐忍，或是……向马大人……认个错？或许……尚有一线生机？” 他显然是被吓破了胆，想到了不久前同样被捕、惨死狱中的宋征舆。
“认错？隐忍？！” 另一位以诗文和刚烈着称的名士吴伟业，猛地站起身，激动地拍案而起！“钱兄此言差矣！我辈读书人，读圣贤书，所学何事？！岂能向阉党走狗低头？！那崇祯皇帝倒行逆施，重用厂卫，滥杀无辜，早已尽失民心！依我之见，我等不仅不能退缩，反而要……要联合天下忠义之士，直斥其非！甚至……甚至可以从其‘得国不正’之处下手，动摇其统治根基！推翻暴政，正在今日！” 他言辞激烈，竟是主张彻底与朝廷决裂，甚至煽动颠覆！
“吴君卿！住口！你……你疯了吗？！” 另一边的陈子龙和夏允彝二人，听到吴伟业这番近乎谋逆的言论，同时勃然变色！陈子龙更是气得浑身发抖，指着吴伟业怒斥道，“陛下纵有不是，亦是天命所归的大明正统！尔等读圣贤书，岂能口出此等大逆不道之言？！如今国难当头，流寇未灭，鞑虏在侧，尔等不思如何同心同德，共赴国难，反而在此妄议君父，煽动内乱！是何居心？！难道要将这江南之地，也变成一片焦土吗？！”
夏允彝也痛心疾首道：“君卿！糊涂啊！我等反对阉党，反对酷政，乃是为了匡扶社稷，岂能因此而行悖逆之事？！若因此而引发江南大乱，岂非亲者痛，仇者快？！陷万民于水火，我等与那乱臣贼子何异？！”
说罢，陈子龙与夏允彝二人，不愿再与吴伟业等“狂悖”之人为伍，愤然起身，拂袖离去！
他们的离去，标志着复社内部，在巨大的外部压力和路线分歧之下，彻底走向了分裂！
一部分如吴伟业般激进之人，主张不惜一切代价，与朝廷对抗到底；一部分如陈子龙、夏允彝般尚存忠君报国之心的人，则在反对酷政的同时，坚决反对任何可能引发更大动荡的颠覆言论和行动；还有少数人，则在恐惧和迷茫中，选择了退出或沉默……
而剩下的大多数人，则依旧抱有“法不责众”的侥幸心理，虽然也害怕马士英的屠刀，却仍不愿放弃“清流”的姿态和对抗朝廷的立场，在争吵和犹豫中，等待着那未知的命运……
曾经引领江南乃至天下士林风潮、在晚明政坛上呼风唤雨的复社，就这样，在崇祯皇帝的铁腕打压和自身内部的矛盾分裂之下，正一步步地，走向穷途末路。而马士英和他背后的皇帝，显然不会给他们留下太多犹豫和内耗的时间。一场更大规模的清洗风暴，已在南京城内外，悄然拉开了序幕。