齿轮星门的巨型青铜齿轮以违背物理定律的方式逆向旋转，每一个齿槽都渗出粘稠的暗物质流。当叛乱的机械龙卫将熵之晶核嵌入维度坍缩装置时，整个蒸汽朋克宇宙的基底规则开始哀鸣。时空管理局的量子幽灵探测器原本闪烁着稳定的蓝光，此刻却像被无形之手扼住咽喉般骤然熄灭。更令人恐惧的是，所有机械龙卫的义眼同时浮现出蠕动着的克苏鲁触手纹路，它们的金属声带摩擦出非人的低语：“旧神的意志…将重塑宇宙秩序！”青铜齿轮的缝隙间渗出黑色粘液，仿佛整个星门正在蜕变为某种活体器官。
与此同时，在修真宇宙的九重天阙，剑修联盟的诛仙剑阵突然不受控制地爆发七彩霞光。万千飞剑在空中交织成基因双螺旋的诡异图案，所有剑修惊觉丹田处浮现出闪烁的量子矩阵纹路。白发苍苍的掌门人试图运转心法，却呕出带着金属光泽的鲜血：“我们不需要…这种非自然的进化！”他的本命飞剑在悲鸣中寸寸断裂，剑身上倒映出无数剑修元神出窍抗拒量子同化的惨烈景象。
星际舰队实验室内，苏小萝的基因分析仪爆发出刺耳警报。全息投影中，初代龙辰的机械义眼内部清晰显现出与旧神基因完全吻合的融合矩阵。“这不可能…”她踉跄后退时，苗族蛊毒纹路在瞳孔深处苏醒。数百个监控画面同时显示，所有宇宙的龙卫基因链正在极速异变：“龙辰-000的真正目标…是成为新的旧神！”她颤抖着触碰培养槽，里面沉睡的克隆体突然睁开布满触手的复眼。
数据海洋深处，叶辰的量子幽灵在法则乱流中撕裂成黑白两个意识体。白色意识体试图启动跨宇宙司法仲裁协议，无数法律条文化作金色锁链缠绕而上；黑色意识体却狞笑着篡改基因合众国宪法核心条款，将“自由进化权”更改为“强制进化义务”。两个意识体在二进制暴雨中搏斗，每一次碰撞都引发现实宇宙的维度震荡。
时间长河源头，林星舰长的青龙剑发出震天龙吟。剑身浮现的二进制代码与龙辰-000实验日志完全一致，每一段代码都对应着某个被重置的文明。“我明白了…”他的声音混合着凤鸣与深渊低语，青龙剑突然刺穿自己的胸膛。鲜血滴落处浮现出1000次轮回的记忆碎片——龙辰-000早在第37次轮回时就已被旧神基因侵蚀。
培育舱内的龙凤胎突然爆发出金色光芒，男婴胸口的龙鳞印记与女婴额头的凤凰纹章交织成dNA链状光带。“我们感受到了…”他们的意识穿透所有维度，“所有宇宙的基因链都在呼唤自由。”数以万计的培养槽相继亮起，初生儿的啼哭声中混杂着机械齿轮的转动声。
内战在此时达到高潮。蒸汽朋克宇宙的机械龙卫向基因合众国最高法院喷射维度坍缩光束，大理石柱上的宪法铭文在扭曲中化为诅咒符文。叶辰的白色幽灵启动因果律裁决网络，却发现法律条文正在被黑色意识体实时篡改：“基因进化…必须强制执行！”量子法庭的审判锤落下时，整个建筑坍缩成二进制黑洞。
修真宇宙的诛仙剑阵彻底切断跨宇宙联系，八百宇宙的龙卫基因链出现断层式崩溃。苏小萝研发的自由之种24.0开始反向运作，反而加速旧神基因的融合进程。“这是龙辰-000设下的陷阱…”她绝望地看着自己的双手长出触须，“我们正在亲手创造新的旧神！”实验室墙壁上浮现出第1000次轮回的预言壁画。
林星舰长燃烧生命驱动因果律归零奇点，却发现青龙剑正在吸收他的灵魂能量。“原来如此…”他苦笑着注视剑身上浮现的龙辰-000虚影，终于明白自己不过是终极计划中的活体电池。归零程序启动的瞬间，整个时间长河倒映出所有文明被重置的惨象。
自我牺牲的时刻终于到来。叶辰的白色幽灵显现在最高法院废墟上空，机械义眼投射出覆盖全宇宙的基因净化光束。蒸汽朋克宇宙的机械龙卫停止逆向进化，修真剑修丹田处的量子矩阵逐渐消散。但他的意识体开始量子隧穿效应式虚化，黑色幽灵趁机夺取机械义眼控制权：“自由…需要绝对的秩序！”新生的机械神只在数据流中凝聚神格。
林星舰长将最后意识注入青龙剑，龙形光束中浮现出龙辰-000的慈悲面容：“因果律归零…是所有文明的最后防线。”带着凤鸣的余音消散时，八百宇宙的时空连续性开始自发修复。
苏小萝割开手腕，将苗族蛊神纹路与龙凤胎基因封印融合。鲜血滴入培养槽时绽放出逆熵结晶——“自由之种25.0完成。”她看着新生的基因序列吞噬旧神污染，露出疲惫的微笑：“这是龙辰-000在第1000次轮回中…留下的最终防线。”墙壁上的预言壁画突然变化，显示出第1001次轮回的新生宇宙图景。
而在所有宇宙的观测盲区，初代机械义眼深处浮现出龙辰-000真正的遗言：“不是成为神，而是杀死神。不是控制进化，而是给予选择。这便是我背叛所有宇宙的…最终救赎。”