除上述整编任命发布之外，钱镠还完善成立了参谋总院。其主要职责是掌管天下舆图、吴越各州山川险要图、兵力部署图及邻道军情图；制定中长期战略、应对周边威胁的总体方案；在战前，为具体战役制定详细的作战方案，包括主攻方向、兵力调配、后勤路线、协同指挥等；汇总并分析所有前线军报、斥候情报，向钱镠提供敌情动态与对策建议；进行军令传达，将吴越王的最终命令润色为正式军令，确保其准确、迅速地传达至各军；战后，负责核实各军上报的战功与缴获，确保赏罚公允。
设“知院事”一人，为最高长官，以行军司马李振充任。
下设四曹，分别为战略曹：主官为参军，由最富韬略、熟知全局的文士或儒将担任，专司宏观战略规划。
作战曹：主官为行军参谋，一般由具有丰富实战经验的将领兼任，负责将战略意图细化为可执行的战役计划、行军路线和布阵方略。
情报曹：主官刺事判官，汇总分析各方情报，绘制与更新军事地图，管理对外间谍与对内反谍事务。
机要曹：主管为主书；负责文书往来、军令誊写用印、档案管理，确保机密不外泄。
钱镠设立军政署，下设四曹，分别为
武选曹：掌全军自都指挥使以下所有军官之铨选、考课、升迁、勋赏、册封及档案管理。
职方曹：掌舆图测绘、山川险要资料、各州城防、关隘、烽候之规划与督查。
库部曹：掌铠甲、弓弩、刀剑、攻城器械等装备之制造、标准制定、中央武库管理及技术研发，湖州卞山铁城也归其管理。
驾部曹：掌境内馆驿、递铺系统之管理，保障军令公文传递；负责战马采购、牧养、分配之马政；及进军路线之桥梁道路畅通。
规定各牙军镇遏使、镇兵防御使等只有 “治兵”（训练、戍守）之权，无“调兵”之权。除非遇到外敌入侵或大规模叛乱等紧急情况，可“相机处置”，但事后必须立刻上报并接受审查。
调动超过一定规模（如五百人以上）的部队，必须持有参谋院发出、钱镠签署的兵符令箭。
外镇兵都知兵马使、都指挥使 “三年轮调制” 严格执行，与牙军系统交流互换，特殊情况可延长期限。
同时还成立了 “军需转运司”，独立运行，但由参谋总院知院事兼管，在各军驻地设立分司。
由中枢统一掌握士兵名册与饷额。每月粮饷，由军需司官员在护军保护下，直接到各营按名册发放，或通过特制的“军饷凭证”到指定官仓、钱庄领取。将领及其军需官只负责核对人数，不经手钱粮。
还规定上述各军标准员额外，各牙军都知兵马使、镇遏使亲兵不得超过200人，各牙军都指挥使亲兵不得超过100人，以下逐级递减；外镇兵防御使不得超过150人，都指挥使不得超过80人。营田军都督、飞挽军都督亲兵不得超过100人，靖湖军都知兵马使、东州镇守使、澎州镇遏使（马绰）特许300人。
所有亲兵必须登记造册由参谋总院统一管理，粮饷由军需转运司直接发放。由监察御史不定期点验，超编者严惩，主官撤职。
颁布《吴越将士抚恤令》 明确规定：
阵亡者，家属一次性获抚恤金（铜钱、布帛）及三年口粮。其子可优先补入军中，或入官学。
伤残退役者，根据伤残等级，赐予田亩（30-50亩不等），免其赋税，并安排其担任村正、仓督等轻役。
正常服役满二十年或年满五十退役者，赐予田亩安家，给予“荣誉士卒”称号。
都知兵马使役三十年或年满六十退役者，奏赏县侯爵，赐田宅，荣养或转文职，位同刺史。
都指挥使服役二十五年或年满五十五退役者，奏赏县伯爵，赐田亩，荣养或转文职，位同司马。
设立 “忠烈祠” 于润州，供奉阵亡将士灵位，每年由钱镠亲自主持公祭，极高地提升了军人的荣誉感和归属感。
第三是成立走马承受司。负责收受、传递、核查所有走马承受递送的密报，形成直达殿前的信息通道；负责走马承受的选派、派遣、轮换、考绩与奖惩。归参谋总院知院事直管，也可直接向钱镠密奏军中情况（与锦衣卫有区别，主要监控军队）
最后，为了加强对军队的管控，钱镠还设立了 “巡察御史” ，由钱镠直接派遣，分巡各军，监察军纪、点验兵员、监督轮调执行。
钱镠借助整军通过整个龙纪元年（889年）完成自己对全军自上而下的一次大变革，为以后的征伐统一奠定大框架。