在日本的深山之中，隐藏着一个无名小村，地图上找不到它的踪迹，仿佛被世界遗忘。村子里住着一户普通人家，父亲健一郎，母亲美智子，还有两个孩子，10岁的女儿小雪和8岁的儿子小太郎。他们过着平淡而幸福的生活，直到那个诡异的夜晚。
一天傍晚，一家人像往常一样在院子里吃饭，欣赏着夕阳下宁静的乡村景色。突然，一阵奇怪的风刮过，带着令人不安的气息。小雪和小太郎感到害怕，躲进了屋子里。健一郎和美智子则起身查看，却发现四周的景色开始扭曲变形，仿佛整个世界都在晃动。
“快进屋！”美智子惊恐地喊道，但话音未落，她和健一郎就被一股无形的力量卷走，消失在空气中。小雪和小太郎惊恐地尖叫着，却无法阻止这一切。他们试图跑出屋子寻找父母，却发现大门紧闭，无论如何也打不开。
几天后，村民们发现了健一郎和美智子的失踪，但小雪和小太郎却坚称父母还在村子里，只是被某种力量隐藏起来了。村民们半信半疑，开始在村子里四处寻找，但没有任何发现。
随着时间的推移，村子里又陆续有人失踪，而且都是在夜晚，毫无征兆地消失得无影无踪。村民们开始恐慌，传说中的“神隐”似乎真的降临到了这个村子。他们开始怀疑，这些失踪事件背后一定隐藏着某种不可告人的秘密。
小雪和小太郎的叔叔，一位名叫山本的记者，得知了侄子侄女的遭遇后，决定深入调查。他来到村子，发现这里的一切都透着诡异。村民们对他避而不谈，似乎害怕提及失踪事件会招来更大的灾难。
山本决定自己寻找线索，他来到了村子边缘的一片废弃工厂。这里已经荒废多年，但最近却似乎有人活动的迹象。山本小心翼翼地进入工厂，发现里面堆满了各种奇怪的实验设备和药品。
在工厂的地下室，山本发现了一个令人毛骨悚然的秘密。墙上挂着一排排的玻璃罐，里面浸泡着各种人体器官和肢体，而这些器官和肢体都来自失踪的村民。山本惊恐地意识到，这些失踪的人并没有被“神隐”，而是被某种邪恶的力量利用，成为了药物实验的牺牲品。
山本继续深入调查，发现这些实验背后竟然有着政府的影子。原来，为了开发一种新型的药物，政府秘密地在一些偏远地区进行人体实验。这个无名小村只是其中之一，而村民们则成为了无辜的实验对象。
这些实验药物能够让人产生幻觉，甚至改变人的意识。失踪的村民被注射了这种药物后，被带到了工厂进行进一步的研究。他们的身体被解剖，器官被提取，用于测试药物的效果。
而所谓的“神隐”，其实只是政府为了掩盖真相而制造的谎言。他们利用村民们对未知的恐惧，将这些失踪事件归咎于超自然力量，从而避免引起更大的骚动。
山本将这些证据带回了城市，试图向媒体揭露这一真相。然而，他发现自己已经被政府盯上了。他的住所被监视，电话被监听，甚至有人试图暗杀他。
在一次逃亡中，山本来到了海边。他回想起自己在村子里的所见所闻，心中充满了愤怒和绝望。他知道自己已经无法阻止这一切，但至少要让世人知道真相。
山本将自己的调查结果写成了一封信，然后将其密封在一个防水的容器中。他将容器投入大海，希望它能够被某个人发现，将这个恐怖的真相公之于众。
几天后，山本的尸体被发现漂浮在海边。他的死因不明，但脸上却带着一种解脱的表情，仿佛他已经完成了自己的使命。
而那个无名小村，依然隐藏在深山之中，仿佛什么都没有发生过。但那些失踪的村民，却永远地消失在了黑暗之中。
多年后，一个年轻的记者偶然间发现了山本留下的那封信。他被信中的内容震惊，决定深入调查。经过一番努力，他终于揭露了当年政府的阴谋，将真相公之于众。
然而，那个无名小村已经消失得无影无踪，仿佛从未存在过。而那些失踪的村民，也成为了永远的谜团。
但他们的灵魂，却在黑暗中徘徊，等待着真相大白的那一天。