虚无之主仓皇逃亡后，三界虽暂时摆脱了灭顶之灾，但其散布在凡界、灵界、神界的残余势力仍在作祟——凡界的“灭世教”分舵蛊惑人心，残害生灵，妄图为虚无之主复辟积蓄力量；灵界部分妖族被虚无之力侵蚀，沦为叛徒，在山林间烧杀抢掠，破坏灵界生态；神界的“虚无神殿”盘踞在混沌海边缘，不断吸纳堕落修士，袭扰联盟防线。为彻底扫清隐患，稳固三界根基，凌苍以联盟盟主之名下达指令：全面清理虚无之主残余势力，凡界、灵界、神界各战场同步推进，林辰带领核心小队巡回支援，务必在三月之内将残余势力尽数肃清。
指令下达当日，凡界天剑盟总坛，叶青羽身着青衫，手持天剑，身后跟着百名天剑盟核心修士，朝着灭世教最猖獗的西南分舵疾驰而去。灭世教分舵隐匿在一处阴森山谷中，山谷周围被浓郁的虚无之力笼罩，化作一片黑雾，寻常修士根本无法靠近。叶青羽眼神一凝，周身青色神级剑气暴涨，天剑心法运转到极致，“天剑·破雾”一声清喝，长剑挥出一道数十丈长的青色剑气，如同破晓之光，瞬间将黑雾撕裂一道缺口。黑雾中传来阵阵鬼哭狼嚎，数十名灭世教修士手持染血弯刀冲出，他们周身萦绕着黑色虚无气息，眼神疯狂，如同失去理智的傀儡。
“凡界安宁，岂容尔等亵渎！”叶青羽长剑再挥，青色剑气如同雨点般落下，灭世教修士根本无法抵挡，惨叫声此起彼伏，身体被剑气斩碎后，体内的虚无之力瞬间被净化。分舵核心大殿中，一名元婴初期的灭世教舵主怒吼着冲出，他体表覆盖着一层黑色鳞甲，是被虚无之力深度侵蚀后的异变形态。“叶青羽，你敢毁我教坛，受死！”舵主挥舞着一柄黑色巨斧，带着狂暴的虚无之力劈来。叶青羽不闪不避，天剑竖挡，青色剑气与黑色巨斧碰撞，火花四溅，“铛”的一声脆响，巨斧被剑气斩断，舵主被震得连连后退。叶青羽乘胜追击，长剑直刺舵主心口，青色剑气顺着剑尖涌入其体内，将潜藏的虚无之力彻底净化，舵主身体一僵，轰然倒地，彻底失去生机。清理完分舵后，叶青羽又马不停蹄地赶往其他分舵，神级剑气所过之处，灭世教势力如同冰雪遇暖阳，快速消融。
与此同时，灵界深处的万妖山脉，木蓉长老带领灵界抗灭联盟的妖族修士，正围歼被虚无之力侵蚀的妖族叛徒。这些叛徒大多是狼妖、熊妖，原本是万妖山脉的守护者，却在虚无之主的诱惑下堕落，不仅残杀同类，还毁坏灵界的生命灵脉。木蓉长老身着翠绿长裙，手持一根藤蔓法杖，周身萦绕着浓郁的生命之力，“万物有灵，迷途知返者，可饶不死！执迷不悟者，别怪我手下无情！”她的声音带着生命本源的威压，部分被轻度侵蚀的妖族叛徒眼中闪过一丝清明，瘫坐在地，痛苦地挣扎着。
但大部分深度侵蚀的叛徒依旧疯狂，一头元婴初期的黑熊妖怒吼着扑来，爪子带着黑色虚无爪风。木蓉法杖一挥，数根粗壮的灵藤从地面钻出，瞬间将黑熊妖缠绕，灵藤上的生命符文闪烁，不断净化着它体内的虚无之力。黑熊妖疯狂挣扎，灵藤被越勒越紧，最终体内的虚无之力被彻底净化，瘫倒在地，恢复了神智，眼中满是愧疚。一名狼妖舵主见势不妙，想要化作黑雾逃走，木蓉眼神一冷，法杖顶端凝聚出一道绿色能量球，“生命裁决”能量球射出，精准命中狼妖舵主，将其身体与体内的虚无之力一同湮灭。清理过程中，木蓉一边围剿叛徒，一边用生命之力修复被毁坏的灵脉，万妖山脉的生机正在一点点恢复。
神界混沌海边缘，凌雪带领神界守护者军团，正围剿虚无神殿。虚无神殿是一座黑色石殿，殿身刻满了诡异的虚无符文，散发着浓郁的虚无之力，殿外驻守着数百名堕落修士，为首的是一名元婴初期巅峰的神殿祭司。凌雪身着银白战甲，周身萦绕着灰蓝色的混沌冰焰，“混沌冰封·封殿！”她指尖一挥，混沌冰焰如同潮水般涌向神殿，冰焰所过之处，地面冻结成冰，堕落修士被瞬间冰封，体内的虚无之力被冻结无法运转。神殿祭司怒吼着冲出，手中高举一柄黑色权杖，释放出一道巨大的虚无能量波。凌雪不慌不忙，双手结印，混沌冰焰凝聚成一面巨大的冰盾，能量波撞在冰盾上，瞬间被冻结成冰雕，碎裂开来。
“虚无神殿，今日必毁！”凌雪纵身跃起，混沌冰焰凝聚成一柄冰剑，朝着神殿的符文核心斩去。冰剑与符文碰撞，发出震耳欲聋的轰鸣，黑色符文被冰焰冻结、碎裂，神殿的虚无之力屏障瞬间瓦解。守护者军团一拥而上，将残余的堕落修士尽数斩杀，凌雪则一剑劈开神殿大殿，将潜藏在殿内的虚无能量源彻底摧毁，黑色石殿失去能量支撑，轰然倒塌。
各战场激战正酣时，林辰带领苏小雅、小金组成支援小队，乘坐混沌破界船巡回支援。凡界西南山谷，叶青羽正被三名灭世教残余元婴修士围攻，虽不落下风，却一时难以脱身。林辰身形一闪，逆命剑四色光芒暴涨，“逆命·破虚”一剑斩出，四色剑气瞬间将一名元婴修士斩杀，苏小雅展开三界生命领域，为叶青羽补充能量，小金喷出一道混沌圣火，将另一名修士焚烧殆尽，最后一名修士见势不妙想要逃走，被林辰一剑穿心，彻底毙命。
灵界万妖山脉，木蓉正被一头元婴中期的虎妖叛徒纠缠，虎妖被虚无之力侵蚀后战力大增，木蓉渐渐不支。小金纵身跃出，五丈高的混沌紫金虎王身躯带着磅礴威压，混沌圣火喷涌而出，虎妖叛徒被火焰灼烧，发出痛苦的嘶吼，林辰趁机挥剑斩出，将其体内的虚无核心击碎，苏小雅的生命领域顺势净化其残余虚无之力，虎妖恢复神智，对木蓉俯首认错。
神界混沌海，凌雪虽摧毁了虚无神殿，却有一名神殿长老带着数名修士逃脱，试图潜入混沌域。林辰操控战船追上，逆命剑吸收混沌之力，发出一道五彩剑气，将数名修士斩杀，神殿长老释放虚无之力想要阻挡，苏小雅的混沌圣权杖一挥，金绿色能量波将虚无之力驱散，小金扑上前，一爪将长老拍死，彻底断绝了残余势力逃脱的可能。
在联盟各路人马的协同作战与林辰小队的精准支援下，三界的虚无之主残余势力如同秋风扫落叶般被快速肃清。三月之后，最后一处灭世教隐秘据点被叶青羽捣毁，最后一名妖族叛徒被木蓉净化，最后一名堕落修士被凌雪斩杀。消息传遍三界，凡界百姓走出家门，欢呼雀跃，庆祝摆脱灭世教的阴影；灵界妖族重修万妖山脉，生命灵脉焕发生机；神界守护者加固混沌海防线，联盟总部内外一片欢腾。
林辰站在联盟总部的了望台上，望着三界大地恢复安宁的景象，眼中满是欣慰。苏小雅走到他身边，手中的混沌圣权杖散发着柔和的光芒：“三界终于恢复和平了。”小金趴在一旁，混沌圣火收敛成一团，发出低沉的呼噜声。凌苍、叶青羽、木蓉、凌雪等人也纷纷走来，脸上都带着轻松的笑容。“这只是暂时的和平，”林辰转头望向众人，眼中闪过坚定的光芒，“虚无之主虽逃，但世界轮回之时他必会归来，我们仍需抓紧时间提升实力，备战未来。”众人纷纷点头，眼中闪过同样的坚定。
和平的阳光洒遍三界，凡界炊烟袅袅，灵界古木葱郁，神界金光普照。清理残余势力的战斗虽已结束，但三界抗灭联盟的备战之路并未停止，一场关乎三界存亡的终极决战，仍在未来等待着他们。而此刻的和平，既是对过往战斗的犒赏，更是为未来决战积蓄力量的序章。