晶体型文明的成功融入，让联盟的基因模式从三种扩展为四种 —— 共生型、非共生型、能量型、固态共生型。原有的三元共治体系已无法满足新的发展需求，共生议会决定启动 “共治体系升级计划”，建立 “四元共治体系”，确保四种文明模式都能平等参与联盟管理。
四元共治体系的建立，遵循 “平等、均衡、高效” 的原则。议会的构成进行了调整：设四元议长，由四种文明模式轮流担任，每届任期三年；议会成员按文明模式比例分配，确保每种模式都有足够的话语权；新增 “文明协调委员会”，由四种文明模式的代表共同组成，专门调解不同文明间的分歧，促进合作。
王启作为三元共治的最后一任议长，负责主导体系升级。他组织四种文明模式的代表，召开了为期一个月的 “四元共治协商会议”，讨论新体系的具体规则、权利分配、合作机制。协商过程中，曾出现过关于议会席位比例的分歧 —— 非共生型文明认为自己的成员国数量较多，应获得更多席位；能量型文明则认为自己的技术贡献突出，席位应适当倾斜。
“四元共治的核心是平等，席位比例不应以数量或贡献论高低，而应确保每种文明模式都有平等的决策权。” 王启提出了折中的方案：议会总席位设 80 个，四种文明模式各占 20 个，成员国数量较多的文明模式，可通过内部选举分配席位；贡献突出的文明，可获得 “荣誉席位”，参与讨论但无投票权。
这个方案得到了四种文明模式的一致认可。协商会议还明确了四元共治的核心职责：共同制定联盟发展战略、审批重大科研项目、调解文明间的冲突、保障所有文明的平等权利。文明协调委员会则负责日常的文明沟通，及时解决小分歧，避免矛盾升级。
四元共治体系的成立仪式，在宇宙基因网络枢纽举行。四种文明模式的代表共同签署了《四元共生宪章》，宪章明确规定：“联盟所有文明，无论基因模式、发展水平如何，一律平等；四种文明模式共同治理联盟，共享发展成果，共担责任风险。”
仪式上，王启将共生议长的权杖交给了晶体型文明的代表 “晶恒”，完成了共治体系的交接。“晶恒议长，希望你带领联盟，在四元共治的新起点上，实现更广泛的多元共生。” 王启说道。晶恒接过权杖，郑重承诺：“我将坚守四元平等的原则，推动四种文明模式深度融合，让联盟的发展更上一层楼。”
四元共治体系建立后，联盟启动了一系列新的合作项目：四元联合科研计划，整合四种文明的技术优势，研发 “四元能量生态系统”，实现能源的循环利用；四元文化交流节，展示四种文明模式的文化特色，促进文明间的相互理解；四元文明帮扶计划，让四种文明模式的先进成员国，共同帮扶落后文明，实现共同发展。
在四元联合科研计划中，四种文明模式的科研人员合作研发的 “四元能量生态系统”，成为联盟的标志性成果。这个系统将联盟的共生能量技术、域外的稳定技术、能量型的传导技术、晶体型的固化技术结合，能将宇宙中的游离能量转化为四种文明模式适配的能量，储存后按需分配，同时将使用后的废弃能量转化为生态能量，用于行星绿化、生物培育，实现了 “能量 - 使用 - 回收 - 生态” 的闭环循环。
“四元能量生态系统，是四元共治的技术结晶。” 晶恒在系统发布会上说道，“它不仅解决了联盟的能源问题，还实现了能源与生态的和谐发展，是多元共生的最佳体现。”
四元共治体系的建立，让联盟的多元共生进入了更成熟、更稳定的阶段。四种文明模式相互支撑、相互成就，联盟的影响力进一步扩大，越来越多的未知文明主动申请加入。王启看着四元共治体系平稳运行，心里充满了欣慰 —— 从三元到四元，联盟的共治体系不断完善，多元共生的理念也在不断丰富。他知道，未来还会有更多新的文明模式加入，但只要坚守平等、包容、合作的初心，联盟的共治体系就会不断进化，成为宇宙中最稳定、最和谐的文明共同体。