在“神威”上，他们推测那个动态的“孤儿domain”可能是一个与SNARE相互作用的“触手”。在“方舟”上，他们启动了超高精度的量子力学或是分子力学的组合计算，聚焦于这个domain与不同SNARE蛋白组分之间的关键残基相互作用。
计算结果显示，这个“孤儿domain”并非简单的结合模块，其内部存在着一个精巧的静电势能梯度和π-π堆积网络。
当SFR-1因与GpcR结合而发生变构时，这个domain的静电分布和构象柔性会发生精确改变，从而像一把“智能钥匙”，优先与特定组合、处于特定组装状态的SNARE复合物匹配，实现“信号-货物”的精准耦合。
“看！只有当GpcR处于完全激活态，且细胞内钙离子浓度达到阈值时，这个‘钥匙’才会完全‘解锁’，展现出与目标SNARE的最高亲和力！”埃琳娜指着屏幕上同步显示的多维参数关联图，声音因激动而有些沙哑：“这解释了其时空特异性的底层逻辑！”
几人点点头，开始了最后一轮推演。
也就是对“影子网络”的动态重构。
这是最耗费算力，也是最激动人心的一步。
赵栋梁团队将在“神威”上预测出的、与SFR-1相关的那个“影子网络”的初步数据，输入了“方舟”内置的、经过海量生物数据预训练的“生命系统动态推演AI模型”。
这一次，不再是静态的网络图，也不再是有限的模拟时间。
“方舟”调动了其庞大的图计算单元和神经网络加速器，开始对这个潜在的网络进行多条件、扰动下的动态演化模拟。
屏幕上，一个复杂而美丽的蛋白质相互作用三维网络被构建出来，其中SFR-1是一个关键枢纽，但绝非唯一。数个之前被忽略的低丰度蛋白，在模拟中显示出了清晰的功能冗余和时序互补特性。
当模拟中人为“敲除”SFR-1时，网络并未崩溃，而是通过激活另外两条并行通路，在一定延迟后，部分恢复了功能。
“这是一个分布式的、具有鲁棒性的备份系统！”
赵栋梁惊呼道：“也就是说细胞根本不会把鸡蛋放在一个篮子里！SFR-1是主要通路，但这些‘影子’成员在压力下可以被激活！这完美解释了为什么单一基因敲除有时表型不明显！”
数个小时的连续运行，“方舟”以惊人的效率和深度，不仅全面验证了陆时羡团队基于“神威”数据提出的所有关键假设，更将每一个假设都深化、拓展到了一个全新的层次。
它揭示的不是一个简单的线性通路，而是一个充满智能反馈、冗余备份、精准识别的多维调控网络。
科尔德斯普林发表在pNAS上的那篇关于SFR-1的论文，在“方舟”产出的这些系统性的、机制性的深刻洞察面前，显得如此的苍白、零碎和表面化。
他们只是描述了一个零件，而“方舟”帮助陆时羡团队，近乎完整地揭示了整个精密仪器的设计蓝图和运作原理。
当最后一份综合分析报告生成完毕，主控室内陷入了长久的寂静。
然后，不知道是谁先开始，响起了第一声掌声，紧接着，掌声如同潮水般席卷了整个空间，包括那些前来观摩的部委领导和技术专家。
所有围观的人都没想到，方舟生物超算的首次正式任务，就验证了陆时羡团队的猜想，更以其恐怖的性能，将“枢纽蛋白”的研究推向了一个令所有竞争对手都无法想象的深度和广度。
显然，一场即将震撼整个生物学界的风暴，将在这片东方的土地上悄然兴起。
罗伯特教授激动地抓住陆时羡的手臂，眼眶有些湿润：“陆！我们做到了！这不仅仅是验证，这是升华！我们现在掌握的，是超越这个时代至少五年的认知！”
陆时羡看着屏幕上那些颠覆性的结果，一直平静的脸上，也终于露出了如释重负而又充满锐气的笑容。他转过身，面对众人，声音沉稳而有力：
“今天，‘方舟’不负其名，它帮助我们找到的，不仅仅是一个蛋白，而是理解细胞‘智能’的一套全新‘语法’。科尔德斯普林抢发的，只是一颗种子，而现在，我们拥有了整片森林。”
“立刻整理所有数据和分析报告，启动最高保密程序。同时，准备一篇……不，是一个系列论文的撰写。我们要做的，不是去反驳他们那篇pNAS，而是要用一个他们无法企及的维度，去重新定义这个领域。”
他目光扫过他的团队，每一个人的脸上都洋溢着疲惫却无比兴奋的光芒。
“‘方舟’已经启航，而我们的征程，是远方的星辰大海。”
“现在，出发！”
“方舟”生物超算产出的海量、高维度数据，如同无数块珍贵的璞玉，堆积在虚拟的“工作台”上。而此刻，能够为这些惊世骇俗的发现雕琢出最完美开篇的，唯有陆时羡本人。
他没有选择立刻撰写多篇论文进行“饱和式”轰炸，而是决定亲自操刀，撰写这系列研究的开篇之作，旨在奠定整个新范式的理论基础。
这篇论文，将不是对科尔德斯普林那篇pNAS文章的回应，而是站在一个更高的维度，重新定义这个领域。
接下来的两周，陆时羡几乎将自己封闭在了办公室。
他没有让团队成员代笔任何部分，每一个字，都源自他对整个“枢纽网络”最深刻的理解和洞察。
办公室的白板上，不再是复杂的公式或实验设计，而是论文的核心逻辑框架：
论文标题：《细胞信号-囊泡运输耦合的智能调度网络：从SFR-1变构开关到分布式冗余系统》
论文摘要：细胞内部“信号接收”与“物质运输”的耦合，并非通过单一的“枢纽蛋白”线性连接，而是通过一个由核心调度元件（如SFR-1）与备份通路构成的、具备变构调控和逻辑门控特性的“智能调度网络”实现，该网络确保了细胞信息处理与执行的鲁棒性、精准性与适应性。